花鲈简化基因组和转录组测序及基因表达分析

发布时间：2022-12-09 21:19

　　花鲈（Lateolabrax maculatus）广泛分布于中国沿海,是我国重要的海水养殖品种。由于长期过度捕捞,花鲈野生资源锐减,种质退化。为更深入了解花鲈的遗传信息,我们利用高通量测序和de novo组装,获得了64.63 Gb的基因组clean数据,预测基因组大小534.46 Mb,GC含量40.95%,经过拼接和蛋白编码基因预测得到67,748个unigene,其中有60,218个unigene（88.89%）与Nr库中的已知序列同源。此外,分别有50,860和10,260个unigene注释到GO库和COG库。根据基因组测序结果获得311,393个微卫星（SSR）位点,其中单核苷酸重复（29,585,9.50%）,二核苷酸重复（144,548,46.42%）和三核苷酸重复（36,254,11.64%）共占到SSRs的67.65%,其中重复单元AC/GT（36.76%）在二核苷酸重复序列中含量最丰富。我们用30条花鲈样本进行筛选获得8个具有多态性的微卫星位点,所有位点显示4-8个等位基因。平均观测杂合度和平均预期杂合度分别是0.64和0.58。花鲈简化基因组信息为研究花鲈生长、... 

【文章页数】：75 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 花鲈的研究概述
    1.2 碱性磷酸酶研究
        1.2.1 碱性磷酸酶的结构和分布
        1.2.2 碱性磷酸酶的生理作用
    1.3 胃泌素家族及其受体概述
        1.3.1 胃泌素结构及其受体概述
        1.3.2 胃泌素内分泌细胞分布
        1.3.3 胃泌素功能和调节因素
    1.4 研究目的与意义
第二章 花鲈基因信息挖掘
    2.1 实验材料
        2.1.1 实验动物
        2.1.2 主要生化试剂
    2.2 实验方法
        2.2.1 花鲈基因组DNA和总RNA的提取与检测
        2.2.2 文库制备及质检
        2.2.3 上机测序
        2.2.4 基因注释及功能聚类分析
        2.2.5 SSR引物筛选
        2.2.6 多态性检测
        2.2.7 数据分析
    2.3 实验结果
        2.3.1 花鲈基因组denovo测序结果分析
        2.3.2 微卫星引物筛选结果
        2.3.3 花鲈7个组织转录组数据分析
        2.3.4 花鲈七个组织Unigene功能注释与分析
        2.3.5 七个组织转录组微卫星统计
    2.4 讨论
        2.4.1 花鲈简化基因组测序的构建及应用
        2.4.2 花鲈转录组文库的构建及应用
第三章 花鲈肠道碱性磷酸酶基因表达和功能分析
    3.1 实验材料
    3.2 实验方法
        3.2.1 Lm-alpi基因鉴定
        3.2.2 Lm-alpi生物信息学分析
        3.2.3 免疫组织化学
        3.2.4 质粒构建和转染
        3.2.5 基因表达
        3.2.6 酶活测定
        3.2.7 数据分析
    3.3 实验结果
        3.3.1 Lm-alpi基因鉴定
        3.3.2 Lm-alpi免疫定位
        3.3.3 Lm-alpi在胚胎和组织中转录模式
        3.3.4 LPS处理后Lm-alpi的动态变化
        3.3.5 Lm-alpi对于脱盐反应的动态变化
    3.4 讨论
        3.4.1 Alp家族同源性分析
        3.4.2 蛋白序列和Alpi结构
        3.4.3 Alpi在消化道中的功能
第四章 花鲈胃泌素的细胞定位和表达
    4.1 实验材料
    4.2 实验方法
        4.2.1 RNA提取
        4.2.2 引物设计及扩增
        4.2.3 切胶回收
        4.2.4 目的片段与表达载体连接
        4.2.5 转化连接产物
        4.2.6 重组质粒的筛选和鉴定
        4.2.7 同源性及聚类分析
        4.2.8 免疫组化
    4.3 实验结果
        4.3.1 Gas相关基因的分子鉴定与特征
        4.3.2 Lm-gas表达蛋白的组织分布
    4.4 讨论
        4.4.1 Lm-gasDNA分子鉴定与特征
        4.4.2 Lm-gas细胞表达与定位
结论
参考文献
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于转录组测序对翘嘴鳜（Siniperca chuatsi）2种肌球蛋白重链基因的克隆与分析[J]. 陈之航,董浚键,孙成飞,田园园,叶星.  渔业科学进展. 2017(03)
[2]光照周期对动物下丘脑-垂体-性腺轴的调节机制[J]. 王连群,侯芳,臧长江,邵伟,石长青.  贵州农业科学. 2015(02)
[3]胃泌素的生物合成与作用机制的相关研究进展[J]. 张苗,郭瑞芳.  内蒙古医学杂志. 2014(11)
[4]大黄鱼碱性磷酸酶基因的克隆及表达特征分析[J]. 冯建军,姚志刚,张子平,钟恩惠,庄道华,林鹏,郭松林,关瑞章,王艺磊.  水产学报. 2014(09)
[5]几种免疫调节剂对花鲈生长性能、免疫力以及细菌感染后存活率影响的比较研究[J]. 郁欢欢,薛敏,韩芳,王嘉,郑银桦,吴秀峰.  动物营养学报. 2014(08)
[6]牛膝多糖对草鱼免疫和抗氧化功能的影响[J]. 王红权,唐德约,赵玉蓉,王小娜,金柏涛,张凯,肖调义.  水生生物学报. 2013(02)
[7]甘露寡糖对异育银鲫生长性能、免疫及HSP70基因表达的影响[J]. 徐磊,刘波,谢骏,戈贤平,张媛媛,崔红红,周群兰,陈汝丽,怀明燕.  水生生物学报. 2012(04)
[8]花鲈微卫星标记分离及其多态性分析[J]. 赵燕,季相山,曾勇庆,丁雷,杨萍萍,王慧.  动物学研究. 2011(05)
[9]胃泌素对大鼠胃黏膜的影响[J]. 陶琴琴,周丽雅,邓凯,李渊,林三仁,杨燕琳,黄琛,陈栎.  中国微创外科杂志. 2011(07)
[10]鳜胃蛋白酶原A、胃质子泵基因cDNA全长的克隆与细胞表达定位[J]. 薛洋,赵金良,邓燕飞,卞云斌,顾才弟.  水产学报. 2011(07)

博士论文
[1]S100钙离子结合蛋白A8在小鼠原始卵泡形成过程中的作用[D]. 滕臻.中国农业大学 2015
[2]花鲈繁殖相关基因的克隆及其在雄性个体中的表达调控分析[D]. 迟美丽.中国海洋大学 2015
[3]花鲈肌肉生长抑素基因（MSTN）克隆、表达及其基因打靶载体的构建[D]. 叶寒青.中国海洋大学 2006

硕士论文
[1]花鲈ToLL样受体家族部分基因的克隆及其在细菌刺激下的表达特征研究[D]. 王成扬.上海海洋大学 2017
[2]β-葡聚糖诱导斜带石斑鱼转录组分析及免疫相关基因表达研究[D]. 张海艳.广东海洋大学 2017
[3]豆粕替代鱼粉对花鲈生长性能和肠道健康的影响[D]. 王亚如.集美大学 2017
[4]鳜胃蛋白酶原早期发育表达及两种胃泌素家族基因的克隆与表达[D]. 苗伟.上海海洋大学 2012



本文编号：3715391