中国禽源新城疫病毒（NDV）流行株F和HN基因的遗传演化和变异频率

发布时间：2022-12-10 20:15

　　【目的】新城疫（ND）是中国流行最严重的疫病之一,对家禽业可造成巨大的经济损失,疫苗防控是控制ND的重要措施。新城疫病毒（NDV）流行株的遗传演化一直是研究NDV的焦点。本文利用分子信息学手段,通过比较近20年间NDV流行株不同基因型F和HN基因的分子特征和遗传变异频率,解析免疫压力下NDV的演化规律。【方法】利用Lasergene 7.1和MEGA5.1软件,选取本实验室89株NDV分离株,结合从Gen Bank下载的364株NDV流行株以及15株NDV经典毒株的基因序列,对其进行系统发育、分子特征和替代频率分析。【结果】系统发育表明,NDV已经演化为15个基因型。一致性比较显示,NDV流行株相同基因型之间核苷酸（氨基酸）高度同源,而不同基因型之间差异较大且存在明显的氨基酸变异积累。NDV基因型的分布与时间、地域密切相关,VII d亚型为中国NDV优势流行株。为评估NDV变异的频率,以Go/GD/QY/1997株（中国较早发生的基因VII亚型）为参照,1997-2015年间NDV的F/HN基因的年平均核苷酸（氨基酸）替代率为2.31×10^-3(2.26×10

【文章页数】：9 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 NDV基因序列来源
    1.2 方法
2 结果与分析
    2.1 系统发育树的构建
    2.2 相似性比较
    2.3 F和HN遗传变异及其与年代的相关性
        2.3.1 NDV流行株与经典疫苗株的核酸差异比较:
        2.3.2 不同基因型NDV的核苷酸年平均替代率的比较:
        2.3.3 NDV基因VII型的年平均核苷酸/氨基酸进化率:
    2.4 NDV基因VII型的关键氨基酸位点分析
3 讨论
    3.1 NDV基因型的多样性和复杂性
    3.2 NDV变异频率的探讨
    3.3 NDV变异对于疫苗防控的启示


【参考文献】：
期刊论文
[1]近20年中国部分地区鸡源H9N2亚型禽流感病毒HA基因遗传演化及其变异频率[J]. 孟芳,徐怀英,张伟,黄迪海,张再辉,刘霞,常维山,秦卓明.  微生物学报. 2016(01)
[2]新城疫病毒抗原性和核心基因的动态演化及防控思考[J]. 秦卓明,徐怀英,刘玉山,黄兵,李玉峰.  中国家禽. 2011(14)
[3]我国新城疫病毒的分子流行病学及新疫苗研制[J]. 刘秀梵,胡顺林.  中国家禽. 2010(21)
[4]用反向遗传技术致弱基因VIId型鹅源新城疫病毒ZJI株[J]. 胡顺林,孙庆,吴艳涛,张艳梅,刘秀梵,刘玉良,王曲直.  微生物学报. 2007(02)
[5]高抗体水平种鸡NDV的分离鉴定和分子特性[J]. 马保臣,何叶峰,徐怀英,王友令,秦卓明,李莉,欧阳文军.  微生物学通报. 2007(01)
[6]遗传距离的错误观点和病毒进化踪迹的探索[J]. 杜念兴,潘芹芹,张素芳.  中国病毒学. 2005(03)
[7]鹅副粘病毒病的研究[J]. 王永坤,田慧芳,周继宏,严维巍,许益民,钱忠明,朱国强,周明荣,庄国宏,陆杏梅,叶斌,卞汝霖.  中国家禽. 1998(04)

博士论文
[1]2008-2013年华东地区新城疫病毒分子流行病学及HN基因E347K变异对病毒抗原性的影响[D]. 朱杰.扬州大学 2015
[2]新城疫病毒山东流行株分子演化及抗原性变异分析[D]. 徐怀英.中国农业大学 2014
[3]新城疫病毒流行株致病性和抗原性及其与F和HN基因变异的相关性[D]. 秦卓明.山东农业大学 2006



本文编号：3717442