秀珍菇不同生长阶段在低温刺激后的转录组及差异基因表达分析

发布时间：2023-03-11 03:12

　　秀珍菇(Pleurotus pulmonarius)属于变温结实菇种,低温刺激可诱导其子实体形成。为了探究秀珍菇结实的分子机制,本实验采用Illumina测序技术,对发菌完好的秀珍菇菌包的菌丝体常温培养阶段、低温诱导阶段、低温诱导后恢复至常温阶段、原基形成阶段4个不同生长发育阶段进行了全转录组测序,构建了4个样本的c DNA文库,并检测文库质量;利用Trinity软件拼接得到的转录组作为参考序列将4个样本的clean reads与之进行比对(mapping);最后对获得的有效序列进行功能注释及相关生物信息学分析。在4个不同生长阶段分别得到41 544 496、45 722 382、46 642 306和49 980 456个高质量测序标签。将所有高质量测序标签与参考序列进行比对定位,可以唯一定位到参考序列上的高质量标签数分别占总数的83.22%、82.85%、83.10%和82.59%。基因差异表达分析显示,与常温状态下相比,低温处理后秀珍菇菌丝体中上调表达基因个数为1 216个,下调表达基因的个数为1 046个;同时,与低温诱导后恢复至常温相比,原基形成阶段秀珍菇上调表达基因个数为1...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料
    1.2 主要试剂及仪器
    1.3 RNA提取
    1.4 测序
    1.5 参考序列比对
    1.6 基因差异表达分析
    1.7 GO功能富集分析
    1.8 KEGG通路(Pathway)显著性富集分析
    1.9 差异表达基因的q RT-PCR验证
2 结果与分析
    2.1 RNA提取
    2.2 参考序列比对
    2.3 样本间差异表达分析
    2.4 原基特异性表达基因分析
    2.5 GO功能富集分析
    2.6 通路显著性富集分析
    2.7 差异表达基因的q RT-PCR验证
3 讨论
4 结论



本文编号：3759085