谷子与狗尾草基因组比较及落粒相关基因PT2的鉴定与分析

发布时间：2023-03-12 04:36

　　去壳后的谷子俗称小米由于其富含丰富的营养物质备受人们的青睐,因此培育高产、优质和广谱抗性的谷子新品种成为育种学家的首选目标。从其近缘种入手,通过生物信息分析比较它们之间的差异,可以进一步解析一些基因的功能及其调控网络,为今后挖掘优异基因拓宽育种亲本奠定基础。青狗尾草是谷子的野生祖先,二者基因组测序已经完成,但其遗传进化关系尚缺乏研究。本研究利用生物信息学的方法,首先将已公布的谷子品种豫谷1号和青狗尾草基因组和转录组进行了比较。分析了编码区之间的变异情况。最后,将推测的蛋白质序列也进行了变异检测。落粒性是植物驯化过程中的一个重要农艺性状,对产量的影响很大。为了了解狗尾草向谷子进化过程落粒性相关基因的驯化情况,我们在上述谷子和狗尾草全基因组比较的基础上,分析了谷子和狗尾草落粒性相关基因的差异,并重点研究了PT2基因。具体结果如下:1)谷子(Setaria italica)基因组序列大小约 405.74 Mb,Scaffold N50 约 47.25 Mb,Contig N50约126.27Kb;青狗尾草(Setaria viridis)基因组序列大小约394.90Mb,Scaffold N...

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【学位级别】：硕士

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缩略词表
摘要
1 研究背景
    1.1 谷子简介
    1.2 比较基因组学
        1.2.1 比较基因组学概述
        1.2.2 基因组比对基础
        1.2.3 比较基因组学常用的研究方法与工具
        1.2.4 基因组变异分析
    1.3 植物的落粒性及其调控
        1.3.1 植物落粒性的解剖学机理
        1.3.2 激素对植物落粒性的作用
        1.3.3 拟南芥落粒机理
        1.3.4 水稻落粒机理
    1.4 本课题研究的目的和意义
2 材料与方法
    2.1 材料
        2.1.1 试验材料
    2.2 方法
        2.2.1 基因组比对
        2.2.2 重复序列注释
        2.2.3 SNP和In Del的识别和注释
        2.2.4 Unigene的SNP分析
        2.2.5 PT2基因及其启动子的生物信息学分析
        2.2.6 总RNA提取与PT2基因的检测
        2.2.7 植物基因组DNA的提取
        2.2.8 PT2基因外显子的扩增及序列分析
3 结果
    3.1 比较基因组学分析
        3.1.1 谷子和狗尾草基因组分析
        3.1.2 谷子和狗尾草转录本变异结果统计
        3.1.3 谷子和狗尾草氨基酸变异结果统计
    3.2 PT2基因的分析与验证
        3.2.1 谷子PT2候选基因的筛选与分析
        3.2.2 谷子PT2基因启动子元件分析
        3.2.3 谷子PT2家族基因表达部位分析
        3.2.4 PT2基因保守性分析
4 讨论
5 结论
参考文献
Abstract
致谢



本文编号：3760957