菠萝TCP基因家族的鉴定及成花诱导阶段的表达谱分析

发布时间：2023-03-19 21:42

　　【目的】筛选并分析菠萝TCP(Teosinte branched 1/Cycloidea/Proliferating)基因家族,为菠萝TCP基因在乙烯利诱花过程中的功能研究提供参考。【方法】以‘台农16号’菠萝为材料,通过生物信息学软件系统地分析该基因家族的蛋白质理化性质、染色体定位、基因共线性、系统进化、基因结构、启动子顺式作用元件及RNA-Seq数据,并通过qRTPCR分析该基因家族在成花诱导阶段的表达情况。【结果】共鉴定出9个菠萝TCP基因,均含有TCP结构域,系统进化将其划分为PCF、CIN和CYC/TB1三个亚家族。菠萝TCP基因家族的扩增与全基因组倍增事件无关,不存在片段复制和串联复制事件。启动子顺式作用元件分析发现,AcTCP2、AcTCP5～AcTCP9均含有乙烯响应元件。表达谱分析表明,AcTCP对乙烯利均有不同程度的响应,在花芽分化时期,AcTCP1、AcTCP3、AcTCP7和AcTCP8在茎尖中的表达水平均有显著上调,分别约为0时期的8.15、18.0、14.6和7.91倍。【结论】鉴定并分析了AcTCP基因家族成员信息,发现AcTCP1、AcTCP3、AcTC...

【文章页数】：13 页

【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 材料及处理
    1.2 菠萝TCP基因家族的鉴定
    1.3 菠萝TCP基因家族的生物信息学分析
    1.4 菠萝TCP基因家族RNA-Seq表达分析
    1.5 菠萝TCP基因家族的q RT-PCR分析
2 结果与分析
    2.1 菠萝TCP基因家族染色体定位及蛋白质理化性质分析
    2.2 菠萝TCP基因共线性分析
    2.3 菠萝TCP基因家族的系统进化分析
    2.4 菠萝TCP结构分析
    2.5 菠萝TCP启动子顺式作用元件分析
    2.6 mi RNA的靶基因预测
    2.7 基于RNA-Seq数据的菠萝TCP表达分析
    2.8 菠萝TCP基因的q RT-PCR分析
3 讨论



本文编号：3766038