基于生物信息学筛选胰腺导管腺癌关键基因

发布时间：2023-03-22 08:43

　　目的:利用生物信息学方法分析胰腺导管腺癌(PDAC)基因表达谱芯片并筛选关键基因。方法:从公共数据库基因表达数据库(GEO)中下载PDAC基因表达谱芯片GSE28735、GSE15471、GSE101448,共纳入108例PDAC样本和97例癌旁组织样本。应用R语言limma包和impute包筛选差异表达基因。利用DAVID数据库和在线分析工具Kobas分别对差异基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。利用STRING数据库和Cytoscape软件构建差异蛋白互作网络并进一步筛选关键基因。结果:3个基因表达谱芯片共有161个差异表达基因(|log2 fold-change(FC)|>2,P<0.05),包括54个上调基因,107个下调基因。GO功能富集分析显示差异基因与extracellular exosome、extracellular space、extracellular matrix organization密切相关。KEGG通路分析显示差异基因主要富集在protein digestion and absorption、ECM-receptor intera...

【文章页数】：6 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 基因表达谱芯片
    1.2 筛选差异表达基因
    1.3 差异表达基因GO功能富集分析和KEGG通路富集分析
    1.4 蛋白互作及模块分析
2 结果
    2.1 数据预处理
    2.2 差异表达基因筛选结果
    2.3 GO功能富集分析及KEGG通路富集分析
    2.4 蛋白质相互作用网络的构建及模块分析
3 讨论



本文编号：3767260