肝癌重测序数据整合以及肝癌关键致病基因的研究

发布时间：2017-05-19 05:10

  本文关键词：肝癌重测序数据整合以及肝癌关键致病基因的研究，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景：近几年,大量的研究对肝癌进行了全基因组或外显子组重测序,并找到了大量蛋白编码基因的突变。但是,这些研究只关注有限数量的肝癌候选基因,仍有很多重要的基因突变值得去进一步研究。主要发现：在这个研究中,我们主要整合了13个不同来源的肝癌突变数据,从而找出肝癌发生相关的关键致病基因和高频突变基因。我们共找出45个肝细胞癌关键致病基因(突变率5%),包括众所周知的癌症基因TP53、CTNNB1、 AXINl以及最近发现的肝细胞癌相关基因COL11A1、USH2A、LRPIB、ALB、 GRPR98等,其中TNN、PCLO、RYR2、MUC4为未被报道过的肝细胞癌高频突变基因(10%)。在进一步预后分析中,7个基因同时在生存分析和Cox比例风险模型分析中显示与肝细胞癌预后显著相关。通过基因共表达网络分析和富集分析,我们共找到8条富集显著的突变通路和26种基因富集显著的突变功能,主要与细胞转移、转录、复制、免疫反应等功能相关。结论：以上这些肝癌致病相关基因的发现为肝癌治疗提供了潜在靶标。同时,我们的工作表明对同一主题的研究进行整合分析既可以增强结果的统计学强度,又能重新发现被单个研究所掩盖的具有生物学意义的事件或信息。这种类型的生物信息学方法能让研究者更好地利用激增的生物数据,加速癌症等复杂疾病的攻克。
【关键词】：肝癌 肝细胞癌 关键致病基因 预后分析 基因共表达网络分析
【学位授予单位】：华东师范大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.7
【目录】：

• 摘要6-7
• ABSTRACT7-11
• 第一章 绪论11-24
• 第一节 肝癌概述11-17
• 一、肝癌介绍与分型11-13
• 二、肝癌基因组学研究现状13-17
• 第二节 二代测序技术概述17-19
• 第三节 预后研究概述19-22
• 一、预后简介19-20
• 二、预后分析的方法20-21
• 三、预后因素分析的意义21-22
• 第四节 基因共表达网络的建立和分析22-24
• 第二章 肝癌突变数据的整合分析24-46
• 第一节 材料与方法24-27
• 一、肝癌突变数据的收集24-25
• 二、肝癌数据的基础处理25-26
• 三、肝细胞癌预后分析26
• 四、肝细胞癌网络分析26-27
• 第二节 结果27-46
• 一、关于13组不同来源肝癌基因突变数据的比较27-29
• 三、通过整合分析识别肝癌关键致病基因29-36
• 四、关于肝细胞癌关键致病基因的预后分析36-42
• 五、关于肝细胞癌关键致病基因的网络分析42-43
• 六、网络模块基因的KEGG通路和GO功能富集分析43-46
• 第三章 讨论与展望46-51
• 第一节 讨论46-49
• 第二节 本研究创新之处49-50
• 第三节 展望50-51
• 参考文献51-63
• 致谢63

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 ;我国科学家发现房颤致病基因[J];中国临床康复;2003年09期

2 ;上海科学家发现一智障致病基因[J];生物学教学;2012年12期

3 王丹;周敬华;曹学兵;;常染色体隐性遗传肢带型肌营养不良症致病基因研究进展[J];国际神经病学神经外科学杂志;2007年03期

4 ;华裔博士杨平发现肺癌致病基因[J];养生大世界;2010年05期

5 刘文玲,胡大一;家族性预激综合征致病基因的发现[J];中国心脏起搏与心电生理杂志;2001年06期

6 余家驹;智力为何与某些疾病伴生?——德系犹太人的高智商可能与他们带有的某些致病基因有关[J];世界科学;2005年07期

7 任翔,梁直厚,姚淇,刘木根;肢带型肌营养不良一家系致病基因排除性定位[J];华中科技大学学报(自然科学版);2005年09期

8 沈轶;曹国凡;蒋沁;;原发性开角型青光眼三个致病基因的研究进展[J];眼视光学杂志;2008年02期

9 丁华新,杨晓苏;儿童型脊髓性肌萎缩症致病基因的研究进展[J];中国当代儿科杂志;2003年03期

10 李谋,余利红,刘小林,孙志贤,张成岗;原发性红斑性肢痛症致病基因研究进展[J];国外医学.遗传学分册;2005年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 康晓静;唐小辉;;表皮松解性掌跖角化病一维吾尔家系致病基因研究[A];中华医学会第十五次全国皮肤性病学术会议论文集[C];2009年

2 卓业鸿;李秀梅;段山;侯飞;王梅;李亮;葛坚;;广东普宁原发性开角型青光眼候选致病基因和临床特征的研究[A];中华医学会第十二届全国眼科学术大会论文汇编[C];2007年

3 何君;王培光;杨春俊;杨森;张学军;;原发性红斑肢痛症致病基因研究进展[A];中华医学会第14次全国皮肤性病学术年会论文汇编[C];2008年

4 郑多;潘乾;刘征;席兴华;刘小平;胡正茂;夏昆;夏家辉;;一个常染色体显性遗传视网膜色素变性家系致病基因的定位与鉴定[A];中国的遗传学研究——中国遗传学会第七次代表大会暨学术讨论会论文摘要汇编[C];2003年

5 崔勇;杨森;高敏;陈建军;严开林;肖风丽;王培光;张学军;;进行性对称性红斑角化症致病基因的染色体定位[A];中华医学会第十二次全国皮肤性病学术会议论文集[C];2006年

6 王玉萍;杨康鹃;;先天性特发性眼球震颤致病基因研究现状[A];东北三省及内蒙古地区遗传学研究进展学术研讨会论文汇编[C];2009年

7 张向阳;温景敏;杨威;王程;高鲁娜;郑良宏;周专;姚镜;张学;刘静宇;;一个新的疼痛致病基因鉴定与分子致病机制研究[A];第十二次全国医学遗传学学术会议论文汇编[C];2014年

8 翟猛;林鹏飞;毛飞;孙文杰;刘奇迹;焉传祝;龚瑶琴;;遗传性痉挛性截瘫家系致病基因突变分析[A];第十二次全国医学遗传学学术会议论文汇编[C];2014年

9 杜鹃;沈璐;唐北沙;;新的AD-HSP致病基因初步定位研究[A];中华医学会第十三次全国神经病学学术会议论文汇编[C];2010年

10 夏忆;柯铁;吴小艳;金润铭;;先天性长QT综合征治病基因的研究进展[A];中华医学会第十七次全国儿科学术大会论文汇编（下册）[C];2012年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 记者 唐先武;我科学家发现三个反常性痤疮致病基因[N];科技日报;2010年

2 记者 叶又红;中外携手寻找致病基因[N];文汇报;2000年

3 通讯员 万霞 张雯怡 记者 刘志伟;我科学家发现特发性基底节钙化致病基因[N];科技日报;2012年

4 黄敏;非烟民为何患肺癌？致病基因已找到[N];新华每日电讯;2010年

5 卢苏燕;中法科学家发现房颤致病基因——ＫＣＮＱ１[N];经济参考报;2003年

6 蔚然;中国科学家首次发现房颤致病基因[N];山东科技报;2003年

7 记者褚宁;首次发现：房颤致病基因[N];解放日报;2003年

8 冯立中 朱梅福;“花手花脸”致病基因藏身染色体[N];健康报;2003年

9 记者 高翔;我国专家克隆出颅内钙化致病基因[N];健康报;2012年

10 记者田泓;我科学家发现家族性心房颤动致病基因[N];人民日报;2003年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 戴礼猛;先天性并指（趾）畸形和先天性厚甲症家系致病基因鉴定及功能研究[D];第三军医大学;2015年

2 徐浩;213例男性孤立性促性腺激素释放激素缺乏症患者的临床特征及初步致病基因分析[D];华中科技大学;2015年

3 吴舜尧;基于复杂网络的致病基因检测研究[D];青岛大学;2014年

4 谷峰;遗传性白内障致病基因的定位及其突变分析[D];中国协和医科大学;2006年

5 刘奇迹;Smith-Fineman-Myers综合征致病基因的精细定位及候选基因分析[D];山东大学;2005年

6 姜yN群;遗传性对称性色素异常症致病基因的定位和突变研究[D];中国协和医科大学;2004年

7 张天晓;两种遗传性眼病致病基因的定位与突变研究[D];中国医科大学;2008年

8 刘嘉利;三例遗传性牙本质发育不全Ⅱ型家系致病基因的定位研究[D];中国人民解放军第四军医大学;2003年

9 柳青;遗传性对称性色素异常症致病基因的突变鉴定和功能分析[D];中国协和医科大学;2005年

10 王英;遗传性牙本质发育不全Ⅱ型致病基因的定位与克隆[D];第四军医大学;2001年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 方明宏;基于热扩散模型的致病基因预测方法研究[D];华中师范大学;2015年

2 周元珂;基于人类基因连接组的视网膜色素变异致病基因预测[D];青岛大学;2015年

3 曾磊;全基因组外显子测序搜寻一例家族性进行性色素沉着和色素减退家系的致病基因[D];安徽医科大学;2016年

4 张攀;肝癌重测序数据整合以及肝癌关键致病基因的研究[D];华东师范大学;2016年

5 刘笑逸;基于异构网络模型的致病基因预测算法[D];西安电子科技大学;2013年

6 刘青;基于相互作用网络的致病基因预测方法研究[D];中南大学;2013年

7 高次子;一原发性开角型青光眼家系的临床特点及致病基因的筛查[D];安徽医科大学;2011年

8 郑甄甄;原发性开角型青光眼大家系致病基因筛查研究[D];福建医科大学;2014年

9 刘芳;遗传性泛发性色素异常症一家系致病基因的定位分析[D];华中科技大学;2010年

10 王春;常染色体显性遗传夜发性额叶癫痫新致病基因捕获及验证[D];南方医科大学;2013年

  本文关键词：肝癌重测序数据整合以及肝癌关键致病基因的研究，，由笔耕文化传播整理发布。

本文编号：377819