基于RNA-seq的水稻根尖和侧根区愈伤组织诱导中生长素相关基因差异表达分析

发布时间：2023-05-04 06:07

　　本研究以愈伤诱导培养基(CIM)诱导24 h的水稻(Oryza sativa)主根为材料,利用高通量转录组测序(RNAseq)技术进行主根根尖和侧根区的基因差异表达分析。通过对生长素信号相关基因家族进行聚类和差异表达分析后发现:生长素受体基因OsTIR/AFBs及其同源基因在根尖和侧根区组织的愈伤诱导过程中均无明显的差异表达;系统进化关系接近的OsIAA20、OsIAA9等10个OsIAA基因在根尖和侧根区均增强表达;而另一组进化关系相邻的Os IAA11和Os IAA13基因在根尖和侧根区表现出相反的差异表达模式。相比而言, Os ARFs家族基因在根尖和侧根区中对生长素诱导的表达变化具有明显的差异性。本研究分析了在根尖和侧根区组织生长素信号相关家族基因差异表达的异同,拟为根愈伤组织诱导中生长素响应的组织特异性研究提供新参考。

【文章页数】：11 页

【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 实验材料
    1.2 水稻主根的获得及其愈伤组织诱导
    1.3 转录组cDNA文库构建和测序
    1.4 RNA-seq数据分析
    1.5 构建系统进化树
2 实验结果
    2.1 差异表达基因的功能注释与分类
    2.2 差异表达基因的KEGG分析
    2.3 生长素信号通路相关基因的差异表达分析
    2.4 生长素生物合成和代谢相关基因表达分析
    2.5 生长素运输载体基因表达分析
3 讨论



本文编号：3808104