基于核基因数据重建鲱形目鱼类系统发育关系和太平洋西部鳓鱼群体遗传多样性分析
发布时间：2023-07-27 08:03
鲱形目主要分布在世界各地近海、河口及部分淡水环境,既是当今鱼类家族中分布最广泛的一个目,也是研究海洋生物地理和鱼类从海水入侵淡水进化机制的理想对象。鲱形目隶属于鲱形总目Clupeomorphe,鲱形总目包括白垩纪的化石类群和鲱形目,鲱形目则主要是指全部的现生类群。鲱形目被普遍划分为2亚目,5个科,84属,约402种。针对鲱形目的系统发育关系学界争议颇多,传统分类学与分子系统学观点不一,不同的分子系统学研究结果各异。以往的研究主要是采用形态学的方法,使用分子学数据,不过仅采用线粒体数据或少数几个位点数据,信息量明显不足,而将鲱形目作为一个整体系统发育的研究很少。Lavoue等人的数次研究结果中,宝刀鱼的系统分类地位互不相同,并且鲱形目中很多谱系的自举支持率非常低,鲱形目内部各科之间的关系无法确定。分子分类研究的共同结论是鲱科不再是单系群,而是分为几个类群,但是这几个类群之间的关系以及鲱形目各科之间的关系基于线粒体基因组和核基因的研究结果相互矛盾,没有确定的结论。这样所造成的分类混乱,不仅大大影响对鲱形目系统进化研究,而且无法解释化石数据与生物地理推演结论之间的矛盾,以及适应性进化研究中产...
【文章页数】：115 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 引言
1.1 系统发育
1.1.1 系统发育学的兴起与发展
1.1.2 直系同源基因和旁系同源基因的区别与筛选
1.1.3 构建系统发育树的方法
1.2 群体遗传
1.2.1 群体遗传的多样性以及评估手段
1.2.2 群体遗传的种群扩张和瓶颈效应
1.3 生物地理和洋流
1.3.1 生物地理学的发展简史
1.3.2 太平洋西部的地质、气候及洋流
1.4 鲱形目鱼类及鳓鱼群体研究概况
1.4.1 基于形态学证据鲱形目鱼类的系统发育关系
1.4.2 基于分子学证据鲱形目鱼类的系统发育关系
1.5 太平洋西部鳓鱼群体遗传多样性研究状况
1.6 本研究的内容和意义
1.6.1 研究内容
1.6.2 研究意义
1.6.3 技术路线
第2章 核基因数据分析鲱形目鱼类的系统发育关系
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 鲱形目鱼类的样本收集
2.2.2 本实验的主要仪器和试剂
2.2.2.1 主要仪器
2.2.2.2 主要试剂
2.3 实验方法
2.3.1 核基因DNA的提取
2.3.2 RNA baits的设计
2.3.3 核基因文库的构建
2.3.4 靶基因富集
2.3.5 Illumina 2500高通量测序
2.4 高通量测序数据处理
2.4.1 测序数据的组装
2.4.2 数据的过滤
2.4.3 测序覆盖度(coverge)和深度(depth)计算
2.4.4 根据GG含量筛选数据
2.5 结果与分析
2.5.1 测序数据和组装结果的统计
2.5.2 重建鲱形目系统发育关系
2.6 讨论
2.6.1 鲱形目鱼类分类地位的确定
2.6.2 单系性
2.6.3 系统发育关系
第3章 依据核基因数据分析太平洋西部鳓鱼群体的遗传现状
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 鳓鱼样本的采集
3.2.2 DNA提取和线粒体D-loop的扩增
3.2.3 文库构建和目的基因的富集以及高通量测序
3.2.4 测序数据的过滤及序列的组装
3.2.5 SNP数据的获取
3.3 生物信息学分析
3.3.1 概括统计量
3.3.2 单倍型网络图和群体遗传结构
3.3.3 太平洋西部鳓鱼群体间的遗传变异
3.3.4 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态
3.4 结果
3.4.1 核基因SNP数据的差异
3.4.2 鳓鱼群体间的遗传分化分析
3.4.3 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态
3.5 讨论
第4章 基于线粒体基因组界定丹东鳓鱼群体
4.1 材料与方法
4.1.1 样本采集
4.1.2 DNA提取和引物设计及线粒体基因组的扩增
4.1.3 数据校正及数据组装
4.2 数据分析
4.2.1 序列分析
4.2.2 基于GMYC模型分析
4.3 结果分析
4.3.1 鳓鱼线粒体基因组序列特征
4.3.2 GMYC分析的结果
4.4 讨论
第5章 结论与展望
5.1 研究结论
5.2 研究展望
参考文献
在校期间的科研情况
致谢
本文编号：3837646
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【学位级别】：博士
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摘要
Abstract
第1章 引言
1.1 系统发育
1.1.1 系统发育学的兴起与发展
1.1.2 直系同源基因和旁系同源基因的区别与筛选
1.1.3 构建系统发育树的方法
1.2 群体遗传
1.2.1 群体遗传的多样性以及评估手段
1.2.2 群体遗传的种群扩张和瓶颈效应
1.3 生物地理和洋流
1.3.1 生物地理学的发展简史
1.3.2 太平洋西部的地质、气候及洋流
1.4 鲱形目鱼类及鳓鱼群体研究概况
1.4.1 基于形态学证据鲱形目鱼类的系统发育关系
1.4.2 基于分子学证据鲱形目鱼类的系统发育关系
1.5 太平洋西部鳓鱼群体遗传多样性研究状况
1.6 本研究的内容和意义
1.6.1 研究内容
1.6.2 研究意义
1.6.3 技术路线
第2章 核基因数据分析鲱形目鱼类的系统发育关系
2.1 引言
2.2 材料与方法
2.2.1 鲱形目鱼类的样本收集
2.2.2 本实验的主要仪器和试剂
2.2.2.1 主要仪器
2.2.2.2 主要试剂
2.3 实验方法
2.3.1 核基因DNA的提取
2.3.2 RNA baits的设计
2.3.3 核基因文库的构建
2.3.4 靶基因富集
2.3.5 Illumina 2500高通量测序
2.4 高通量测序数据处理
2.4.1 测序数据的组装
2.4.2 数据的过滤
2.4.3 测序覆盖度(coverge)和深度(depth)计算
2.4.4 根据GG含量筛选数据
2.5 结果与分析
2.5.1 测序数据和组装结果的统计
2.5.2 重建鲱形目系统发育关系
2.6 讨论
2.6.1 鲱形目鱼类分类地位的确定
2.6.2 单系性
2.6.3 系统发育关系
第3章 依据核基因数据分析太平洋西部鳓鱼群体的遗传现状
3.1 引言
3.2 材料与方法
3.2.1 鳓鱼样本的采集
3.2.2 DNA提取和线粒体D-loop的扩增
3.2.3 文库构建和目的基因的富集以及高通量测序
3.2.4 测序数据的过滤及序列的组装
3.2.5 SNP数据的获取
3.3 生物信息学分析
3.3.1 概括统计量
3.3.2 单倍型网络图和群体遗传结构
3.3.3 太平洋西部鳓鱼群体间的遗传变异
3.3.4 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态
3.4 结果
3.4.1 核基因SNP数据的差异
3.4.2 鳓鱼群体间的遗传分化分析
3.4.3 太平洋西部鳓鱼群体的历史动态
3.5 讨论
第4章 基于线粒体基因组界定丹东鳓鱼群体
4.1 材料与方法
4.1.1 样本采集
4.1.2 DNA提取和引物设计及线粒体基因组的扩增
4.1.3 数据校正及数据组装
4.2 数据分析
4.2.1 序列分析
4.2.2 基于GMYC模型分析
4.3 结果分析
4.3.1 鳓鱼线粒体基因组序列特征
4.3.2 GMYC分析的结果
4.4 讨论
第5章 结论与展望
5.1 研究结论
5.2 研究展望
参考文献
在校期间的科研情况
致谢
本文编号：3837646
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/jiyingongcheng/3837646.html
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