甜瓜ADF7基因的克隆与生物信息学分析

发布时间：2023-09-02 10:47

　　肌动蛋白解聚因子(actin-depolymerizing factors, ADFs)通过剪切和解聚微丝来调控微丝组织和动态,被认为是肌动蛋白变化的重要调控因子。通过RT-PCR方法扩增得到甜瓜ADF7(CmADF7)基因序列,进行生物信息学分析和组织表达分析。结果表明CmADF7基因的开放阅读框(ORF)为414 bp,编码137个氨基酸,蛋白质理论分子量15.82102 kD,等电点5.32。生物信息学预测该蛋白是不具有跨膜结构的疏水性蛋白,亚细胞定位于细胞质中。基因结构分析显示CmADF7包含3个外显子,2个内含子,其中第1位外显子仅包含起始密码子ATG。结构域分析表明CmADF7具有高度保守的ADF-H结构域,其氨基酸序列为12～137位。同源性与系统进化分析证明CmADF7与同属葫芦科的西瓜的同源ADF亲缘关系较近。利用qRT-PCR分析发现CmADF7基因主要在花中表达,其他组织中检测虽有表达,但表达量都很低。序列分析表明,CmADF7启动子上存在一些参与光响应、胁迫应答及激素调节等相关顺式作用元件。新的甜瓜ADF蛋白结构和组织表达研究,将为进一步探索CmADF7蛋白功能...

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【文章目录】：
1 材料与方法
    1.1 材料
    1.2 方法
        1.2.1 Cm ADF7基因的分离
        1.2.2 生物信息学分析
        1.2.3 q RT-PCR分析
2 结果与分析
    2.1 Cm ADF7的克隆及基因结构的分析
    2.2 推导的氨基酸序列比对与进化分析
    2.3 Cm ADF7基因编码蛋白序列预测与结构分析
        2.3.1 蛋白质理化特性
        2.3.2 蛋白质三级结构预测
        2.3.3 蛋白质的跨膜结构及保守结构域分析
    2.4 Cm ADF7基因组织表达分析
    2.5 Cm ADF7启动子的生物信息学分析
3 讨论与结论



本文编号：3845060