高粱COBRA基因家族全基因组的鉴定和表达分析

发布时间：2023-10-12 05:52

　　利用生物信息学和比较基因组学方法对高粱COBRA基因家族进行鉴定,并对其基因结构、系统进化、选择压力和表达模式进行分析,为进一步研究COBRA基因功能奠定基础。结果表明,在高粱基因组中共鉴定出10个COBRA基因,分别命名为SbBC1和SbBC1L1—SbBC1L9,其中5个成员分布于1号染色体,4个成员分布于2号染色体,仅SbBC1L6分布于6号染色体,同时明确了SbBC1L1和SbBC1L3、SbBC1和SbBC1L4、SbBC1L2和SbBC1L5共6个成员是由3次串联复制事件产生。此外,这些基因编码蛋白质在N端都具有信号肽和CCVS保守结构域,除SbBC1L5外,其他9个成员C端都有GPI锚定蛋白的ω-位点。系统进化分析显示,COBRA基因家族可以分为两组,第一组包含A、B亚组;第二组包含C、D、E和F亚组。其中,B亚组产生于单子叶和双子叶植物分化之后,属于单子叶植物特有类群,而C亚组在单子叶和双子叶植物中都发生COBRA基因丢失。Ka(非同义替换率)/Ks(同义替换率)值揭示,所有高粱COBRA基因在进化过程中都受到了纯化选择。表达分析显示,在高粱的11个检测样本中,所有家族...

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【文章目录】：
1 材料和方法
    1.1 试验材料
    1.2 高粱和其他11种代表性植物的COBRA基因的鉴定
    1.3 高粱COBRA基因家族的生物信息学分析
    1.4 高粱COBRA基因家族复制事件和选择压力
    1.5 高粱COBRA基因家族的表达分析
2 结果与分析
    2.1 高粱COBRA基因家族的鉴定
    2.2 高粱和其他11种被子植物的COBRA蛋白的系统发育分析
    2.3 高梁COBRA基因家族选择压力分析
    2.4 高粱COBRA蛋白的系统进化和基因结构分析
    2.5 高粱COBRA基因家族成员的表达分析
3 结论与讨论



本文编号：3853575