甘菊3个ClSCL6基因的克隆及表达分析

发布时间：2024-02-23 18:46

　　GRAS家族HAM亚家族基因是维持植物茎端分生组织(shoot apical meristem,SAM)未分化状态的重要因子,并影响着植物的成花转化进程。该研究基于转录组数据中甘菊(Chrysanthemum lavandulifolium)HAM亚家族基因同源序列设计引物,利用RT-PCR技术从甘菊中克隆得到3个HAM类基因。序列分析结果表明,所克隆的3个基因开放阅读框长度分别为1 845、1 479和1 881 bp,分别编码614、492和626个氨基酸。Blastp分析显示,3个基因的编码蛋白均含有典型HAM亚家族蛋白特征,并与菊科植物黄花蒿(Artemisia annua)SCL6蛋白具有较高的一致性,分别达到了94.39%、91.90%和94.27%。进一步分析表明,3个基因的编码蛋白与所有拟南芥GRAS家族中的SCL6蛋白进化关系最近,故将其分别命名为ClSCL6a、ClSCL6b和ClSCL6c。荧光定量分析显示,3个ClSCL6基因均在甘菊茎中表达量最高,而在根和花中表达量普遍较低。在不同发育时期的花器官中,3个ClSCL6基因均有表达,其中ClSCL6a在管状花花粉...

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【部分图文】：

图1不同发育时期的甘菊花

以甘菊叶片cDNA为模板,利用巢式PCR技术进行SCL6同源基因的克隆。反应体系如下:cDNA1μL,上下游引物各1μL,5×PrimesSTARBuffer(TaKaRa)4μL、PrimesSTAR(TaKaRa)0.1μL、dNTP(TaKaRa)1.....

图2SCL6基因cDNA全长片段PCR扩增

3个ClSCL6蛋白的二级结构分析结果显示,ClSCL6a和ClSCL6c蛋白的主要结构为无规则卷曲,其次为α-螺旋;ClSCL6b蛋白α-螺旋与无规则卷曲含量差异不大。蛋白疏水性分析显示3个ClSCL6蛋白整体均偏亲水性,这与其他植物中SCL6疏水性特征类似[18]。三维结构分....

图3SCL6基因核苷酸及其推导的氨基酸序列

表23个ClSCL6基因及其编码序列基本特征Table2BasiccharacteristicsofthreeClSCL6genesandtheircodingproducts基因名称Genename基因长度Genelength/bp开放阅读框O....

图4不同物种基于SCL6同源蛋白的系统进化树

图3SCL6基因核苷酸及其推导的氨基酸序列构建包括ClSCL6和全部拟南芥33个GRAS家族蛋白的系统进化树,并以人类CSK蛋白作为外参。结果如图5所示,ClSCL6与拟南芥SCL6、SCL22、SCL27等HAM亚家族蛋白紧密聚合在一起,进一步表明ClSCL6为菊花中的SCL....

本文编号：3907805