冬瓜BhMAPK15基因的克隆及其非生物胁迫下的表达分析

发布时间：2024-03-10 05:41

　　该文为探究MAPK15基因的结构和功能,根据冬瓜(Benincasa hispida (Thunb.) Cogn.)转录组高通量测序结果,采用RT-PCR方法从冬瓜中分离得到MAPK15基因的完整编码序列,命名为BhMAPK15。序列分析表明,BhMAPK15开放阅读框(ORF)长1 704 bp,编码567个氨基酸。亚细胞定位预测表明,BhMAPK15可能定位于细胞核或细胞质。以NCBI数据库为基础,从数据库中获得模式植物水稻、拟南芥和其他不同物种间的MAPK15家族成员,分析该基因与这些成员的氨基酸序列、保守基序,并构建系统进化树。经系统进化树分析表明,BhMAPK15属于D组家族成员,与甜瓜、南瓜、黄瓜和苦瓜的相似性较高。氨基酸序列和保守基序结果表明,该基因家族成员保守性较高。实时荧光定量PCR分析表明,BhMAPK15在不同组织器官中均有表达,且非生物胁迫处理可以上调BhMAPK15的表达水平。上述研究结果表明,BhMAPK15基因可能在冬瓜响应非生物胁迫中发挥作用。

【文章页数】：12 页

【部分图文】：

图1冬瓜BhMAPK15基因ORF扩增结果

利用课题组前期获得的冬瓜转录组测序结果,对MAPK基因进行搜索,初步得到冬瓜MAPK候选基因。利用NCBI数据库对候选基因结构域、ORF完整性等方面进行验证,最终得到1个具有完整ORF的MAPK基因序列。根据基因的序列设计ORF引物,冬瓜叶片cDNA为模板,进行PCR扩增,结果发....

图2冬瓜BhMAPK15核苷酸序列及其相应的氨基酸序列

图1冬瓜BhMAPK15基因ORF扩增结果2.2冬瓜BhMAPK15氨基酸序列分析

图3冬瓜BhMAPK15三级结构预测

利用SOPMA预测BhMAPK15蛋白二级结构,结果显示,无规则卷曲(randomcoil)、α螺旋(alphahelix)为该蛋白主要构成元件,分别占蛋白总氨基酸的41.80%和40.92%;利用Phyre2预测BhMAPK15蛋白三级结构,结果如图3所示。图4冬瓜BhM....

图4冬瓜BhMAPK15蛋白亲疏水性分析

图3冬瓜BhMAPK15三级结构预测利用DNAMAN5.0对BhMAPK15氨基酸序列预测分析。结果(图4A和图4B)表明,BhMAPK15第219位的半胱氨酸(Cys)分值最高(2.61),疏水性最强,第130位的苯丙氨酸(Phe)分值最低(–1.86),亲水性最强。同时从....

本文编号：3924328