阿尔茨海默病患者外周血差异基因的生物信息学特征分析

发布时间：2024-03-10 13:09

　　目的研究阿尔茨海默病患者外周血差异基因的分子功能分类、生物学网络调控特征及关键节点,为阿尔茨海默病的临床早期诊断和防治提供新方法和新思路。方法从基因芯片公共数据库GEO中下载阿尔茨海默病患者外周血的基因芯片数据,采用PANTHER在线平台对40个差异表达基因进行GO分析,包括基因类别、分子功能、生物学过程及信号通路分析,使用在线分析软件STRING对差异表达基因进行生物信息学调控网络分析,寻找关键节点基因及其相互作用关系。结果 20个明显下调的差异基因主要与机体防御/免疫功能、细胞黏附及能量代谢功能相关,与丙酮酸代谢信号通路相关,蛋白相互作用拓扑网络中的关键节点ATP6V1F、PIGQ、GLO1分别与能量代谢、信号传导、氧化应激子网络有关。而20个明显上调的差异基因主要与氧化还原、代谢过程及细胞转运功能相关,蛋白相互作用拓扑网络中的关键节点OGT、GYG1、UXS1、ATP2A2分别与分别与糖基化修饰、糖原合成、葡萄糖醛酸酯合成及ATP能量代谢子网络有关。结论阿尔茨海默病的发病机理与外周血中的ATP6V1F、PIGQ、GLO1、OGT、GYG1、UXS1及ATP2A2等基因的变化密切相...

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【部分图文】：

图1下调基因的PPI相互作用拓扑网络

如图3所示,STRING蛋白相互作用在线分析结果表明,上调的20个基因表达的蛋白之间存在相互作用关系,构成的蛋白拓扑网络中包含5个子网络,分别与糖基化修饰、糖原合成、丙三醇代谢、葡萄糖醛酸酯合成及ATP能量代谢密切相关。其中,OGT为糖基化修饰相关子网络的关键节点,与子网络中的其....

图3上调基因的PPI网络

图2下调基因及上调基因的相互作用团簇2.3.2下调基因的生物学过程及信号通路分析结果

图2下调基因及上调基因的相互作用团簇

PANTHER平台蛋白分类结果表明,下调基因表达的蛋白可分为8个类别,每种类别包含的基因及占总基因数量的百分比见表3。PANTHER平台分子功能分类结果表明,下调基因的分子功能可分为4个类别,每种分子功能包含的基因及占总基因数量的百分比见表4。图3上调基因的PPI网络

本文编号：3924842