巨桉GOLDEN2-LIKE基因家族全基因组鉴定与进化分析

发布时间：2024-03-27 21:38

　　利用生物信息学方法,基于全基因组水平筛选鉴定出40个巨桉GLK基因(EgG1～EgG40),对其分子质量、等电点和亲水性进行了预测.结果表明,这些基因非均匀地分布在11条染色体上,亚细胞定位主要在细胞质和细胞核上.GLK蛋白二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主.系统进化分析将巨桉GLK基因分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ等5个亚家族.该家族基因含有1～11个外显子,基因结构相对保守.结果表明巨桉GLK基因在成熟叶、茎尖和幼叶中表达较高,而在木质部中表达相对较低.

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【部分图文】：

图1巨桉GLK基因在染色体上的分布

为了进一步了解巨桉GLK家族基因的功能和特征,对鉴定到的40个巨桉和已经报道的番茄(54个)GLK基因的氨基酸序列构建系统进化树(图2).结果表明,GLK家族基因明显聚类于5个亚族(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ和Ⅴ),其中Ⅰ～Ⅴ每个亚族中均有巨桉和番茄分布,分别包含13、8、4、5、10个巨桉....

图2巨桉与番茄GLK转录因子的系统进化树

基因结构分析表明(图3),巨桉GLK家族各成员基因外显子的数量、长度以及位置存在差异.这些基因大多数长度在1～9kb,且这些基因的上游非编码区均不超过1kb,其中EgG19长度最长,该基因存在8kb左右的内含子.EgG11、EgG8和EgG35只有一个外显子,属于内含子缺失....

图3巨桉GLK家族基因结构

从图4可看出,每个亚族内多数Motif排列顺序相同,但位置不尽相同.GLK蛋白所有成员都有Motif2和Motif1,说明两个基序是GLK蛋白的核心组件.GroupⅠ特有的基序是Motif3和Motif13,而GroupⅡ基序最少,只有Motif2和Motif1.G....

图4巨桉GLK转录因子家族的基序

续表2蛋白质α-螺旋β-转角延伸链无规则卷曲氨基酸长度/个占比/%氨基酸长度/个占比/%氨基酸长度/个占比/%氨基酸长度/个占比/%EgG154443.5665.941413.863736.63EgG167520.00102.....

本文编号：3940534