利用高通量测序技术构建巨紫荆耐高盐相关基因的调控网络

发布时间：2024-04-21 08:59

　　盐胁迫是影响植物生长和发育的主要环境因素之一,深入理解盐胁迫的作用机制有助于研究植物的抗盐性。植物在应对盐胁迫的过程中会有许多物质参与调控,其中MicroRNA(miRNA)在盐胁迫的调控过程中发挥着重要的作用。如能深入的理解miRNA的调控机制,构建植物耐高盐相关基因的调控网络,将会为改善植物的耐高盐能力提供重要的理论基础。而巨紫荆作为广泛的绿化点缀树种,其本身就具有微弱的抗盐性,如果能提高巨紫荆的耐高盐能力,将会使其成为盐碱地区优秀的绿化植物,遗憾的是到目前为止没有任何关于巨紫荆的抗盐性研究。本文中我们利用基因组测序、转录组测序和miRNA测序技术对盐胁迫条件下的巨紫荆进行研究,鉴定巨紫荆表达的miRNA及其靶基因,构建巨紫荆耐高盐相关基因的调控网络。为了研究巨紫荆在高盐条件下miRNA的表达水平,我们对巨紫荆使用200mM的氯化钠溶液处理48小时,随后提取巨紫荆根和叶组织的总RNA进行miRNA测序。通过对测序数据的处理,鉴定出巨紫荆已知70个miRNA家族的407个miRNAs。其中在盐胁迫条件下巨紫荆显著差异表达的miRNA有80个,例如miR160和miR171家族。接下来...

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【部分图文】：

图3.1：miRNA测序中原始reads和干净reads的长度分布图

图3.1：miRNA测序中原始reads和干净reads的长度分布图。为了鉴定巨紫荆已知的miRNA，我们首先将巨紫荆miRNA的备选序列与ase数据库中所有植物的miRNA进行序列比对。而后统计所有匹配到植物A的备选序列长度，图3.2是备选miR....

图3.2：miRNA的备选序列与miRBase数据库中所有植物miRNA进行比对，鉴定

：miRNA的备选序列与miRBase数据库中所有植物miRNA进行比对荆已知miRNA的长度分布。图3.3：巨紫荆不同miRNA家族表达量的分布。

图3.3：巨紫荆不同miRNA家族表达量的分布

15图3.3：巨紫荆不同miRNA家族表达量的分布。3.2.2鉴定盐胁迫条件下巨紫荆差异表达的miRNA为了研究盐胁迫条件对巨紫荆已知miRNA的表达影响，我们首先鉴定在高盐实验组和对照组中有显著差异表达的miRNA。通过对miRNA表达量的归一化处理，排除归....

图3.4：对照组和高盐实验组中巨紫荆miRNA表达量的分布

硕士学位论文布，其中miR160_2、miR160_7、miR171_2、miR171_4、miR390_8_1、miR408_7的表达呈下调趋势，而miR403_3的表达呈上调趋势，可以推断出盐胁迫条件可以造成巨紫荆已知miRNA的差异表达，这很有可能参与到巨紫荆....

本文编号：3960680