基于加权基因共表达网络的膀胱尿路上皮癌预后及疗效相关基因筛选

发布时间：2024-05-12 11:00

　　目的构建加权基因共表达网络分析(weighed gene co-expression network analysis,WGCNA),鉴定出膀胱尿路上皮癌(bladder urothelial carcinoma,BLCA)中与预后及治疗效果相关的基因,并分析其在肿瘤相关通路中的活性。方法在癌症基因组图谱数据库获取膀胱尿路上皮癌的转录组测序及相应临床数据;选择年龄、性别、身高、体重、人种、生存时间、吸烟年数、治疗效果、病理分级、TNM分期及淋巴结浸润为临床表型进行加权基因共表达网络分析;利用R语言进行生存分析;利用GSCALite工具进行肿瘤相关的通路活性分析;利用基因表达汇编数据库中的GSE13507和GSE3167数据集进行验证。结果本研究鉴定出与预后及治疗效果均显著相关的基因模块及模块关键基因GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH,上述8个基因在肿瘤相关通路中有一定活性。结论 GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH基因在BLCA中与预后及治疗效果均显著相关,并且参与了肿...

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【部分图文】：

图1WGCNA

在403个样本中进行基因模块聚类，共18196个基因聚类为89个基因模块(图1B)。paleturquoise模块与生存时间(MS=-0.13,P=0.009)和治疗效果显著相关(MS=-0.27,P<0.0001)，但与年龄无关(MS=-0.058,P>0.05)。因此，本....

图2关键基因的多数据集验证

通路活性分析显示GPHN、CPSF2、PRMT5、EIF2S1、KLC1、SLC39A9、SRP54及CNIH在10个肿瘤相关通路中均显示出一定活性(图3)。几乎所有的基因都对受体酪氨酸激酶(receptortyrosinekinase,RTK)有一定活性。活性较强的基因通路....

图3通路活性分析

图2关键基因的多数据集验证3讨论

本文编号：3971249