应用基因芯片技术研究非小细胞肺癌circRNAs表达谱特征

发布时间：2024-05-21 04:06

　　第一章应用微阵列芯片技术筛选非小细胞肺癌的circRNAs表达谱研究目的应用circRNAs微阵列芯片技术检测非小细胞肺癌组织和邻近正常上皮组织差异表达的circRNAs,初步建立非小细胞肺癌的circRNAs表达谱。方法收集3例在南方医科大学珠江医院行手术治疗的非小细胞肺癌患者的肺癌组织和邻近正常上皮组织,使用Trizol(lInvitrogen)法提取组织总RNA。使用紫外分光光度计检测RNA的浓度和纯度,通过甲醛变色凝胶电泳检测RNA完整性。抽提的RNA通过质检后,扩增富集的circRNAs并转录成荧光cRNA。纯化标记的cRNA。测量标记的cRNA的浓度和比活性。标记完成后,制备50μl杂交溶液并分配到垫片载玻片中并组装到circRNAs表达微阵列载玻片上,芯片杂交完成后洗涤,使用Axon GenePix4000B进行图像扫描,提取探针的信号值,用T检验来确定差异表达基因的显著性(p<0.05)。使用Fold change和P-value筛选两组样品间的差异表达circRNAs。结果总RNA质量鉴定结果:总RNA质量鉴定结果:A260/A280比值均接近2.0,A260/...

【文章页数】：80 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图１－１用于ｃｉｒｃＲＮＡｓ芯片实验的组织标本ＲＮＡ甲醛凝胶电泳图像??Ｆ．?１－１?ＲＮＡ?ＩｎｔｅｒｉａｎＤＮＡ?ｃｏｎａｍｎａｔｉｏｎ?ｔｅｓｔ?ｂＤｅｎａｔｕｒｉｎＡａｒｓ

杂交后的ｃｉｒｃＲＮＡｓ表达谱芯片采用Ａｘｏｎ?ＧｅｎｅＰｉｘ?４０００Ｂ进行图像扫描，６??３５ｎｍ波长光激发，然后使用ＧｅｎｃＰｉｘ?Ｐｒｏ?６．０读取芯片扫描图像，并提収探针??的信号值。图１－２为芯片扫描出的代表性图像，ｃｉｒｃＲＮＡｓ表达谱芯片杂交点大??小比较相仿，杂....

图１－２非小细胞肺癌组织ｃｉｒｃＲＮＡｓ表达谱芯片杂交代表性图像

石页士学位论文??图１－１用于ｃｉｒｃＲＮＡｓ芯片实验的组织标本ＲＮＡ甲醛凝胶电泳图像??Ｆｉｇ．?１－１?ＲＮＡ?Ｉｎｔｅｇｒｉｔｙ?ａｎｄ?ｇＤＮＡ?ｃｏｎｔａｍｉｎａｔｉｏｎ?ｔｅｓｔ?ｂｙ?Ｄｅｎａｔｕｒｉｎｇ?Ａｇａｒｏｓｅ??Ｇｅｌ?Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ??....

图１－３散点图??Ｆｉｇ．?１－３?Ｓｃａｔｔｅｒｐｌｏｔ??

为了明确差异表达的ｍｉＲＮＡｓ，我们通过ｃｉｒｃＲＮＡｓ表达谱芯片火山图对筛??选结果进行了过滤，此火山图采用的表达倍数为上调２倍以上，或下调表达倍??数超过２倍，ｐ＜０．０５，见图１－４。通过ｃｉｒｃＲＮＡｓ表达谱芯片筛选，我们发现，??与正常肺上皮组织相比，非小细胞肺癌组织表....

图2一1和非小细胞肺癌相关的而R加A及上游的ci代R刊AsFig.2一1MI川a‘哪ociated咐比NSCLCanduPs切即mcircRN^s

石页士学位论文??Ａ?Ｂ??ｈｕ－ｍｌＲ?１￥４?ｉｐ?？＞?ｈｖｉ?ｔｉｉｔＨＮＡ?００？／？Ｗ?ｈｕ－ｒｎｉＲ?１４１?Ｓｐ?？ｔ?ｈｕ?ｔｔｒｃＲＫｌＡ?ＯＯｂＪＳ２ｂ??？?？＇？??

本文编号：3979583