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青钱柳内质网胁迫相关基因的转录组分析及内参基因验证

发布时间:2024-06-05 04:22
  植物正常的生长发育依赖于外界环境。逆境下,植物体内质网中富集大量无法折叠或折叠错误的蛋白质,引发内质网胁迫。启动保守的未折叠蛋白应答是细胞应对内质网胁迫的有效策略。青钱柳(Cyclocarya paliurus(Batal.)Iljinskaja)是我国特有的树种,具有多种重要药理活性。但非生物胁迫,如干旱、盐、冷或热,会导致内质网中错误折叠或未折叠蛋白的积累,从而造成青钱柳产量降低。内质网胁迫诱导的未折叠蛋白反应在植物对逆境胁迫的发育和适应中发挥着重要作用。目前青钱柳基因组未知,相关研究较少,通过转录组测序研究青钱柳内质网胁迫相关基因是目前最重要的手段之一。本研究的主要结果如下:1)通过青钱柳RNA-seq,共检测到452,300,260条clean reads,196,207个unigenes。与对照组(TM-0h)相比,实验组(TM-6h和TM-14h)有1,867个下调,3,040个上调;2)从青钱柳RNA-seq数据库中筛选到一批常用的候选内参基因:UBQ4、TUB、TUA、GAPDH、18SrRNA、ACT2和ACTF;3)利用RT-qPCR和常用内参基因稳定性分析软件(g...

【文章页数】:96 页

【学位级别】:硕士

【部分图文】:

图1cDNA文库建库和Illumina测序流程图

图1cDNA文库建库和Illumina测序流程图

302.4.4转录组测序RNA-seq及组装交予北京诺禾致源科技股份有限公司承担。cDNA文库建库和Illumina测序流程如图1,具体步骤如下:图1cDNA文库建库和Illumina测序流程图(1)青钱柳转录组测序材料RNA样品的质量检测:①RNA的降解程度以及是否有污染通过1....


图2cDNA文库构建原理

图2cDNA文库构建原理

31(8)运用Qubit2.0进行文库初步定量,将文库稀释至1.5ng/uL;(9)为了使文库可充分应用于后续分析,利用Agilent2100检测文库的insertsize是否达到预期,如果已达到,则对文库的有效浓度(>2nM)进行精准定量。文库构建原理如图2:图2cDNA文库构....


图3转录组数据分析流程

图3转录组数据分析流程

32的、重复的、带adaptor的,为了确保不会影响接下来的数据组装和后续分析,需要对这些reads进行过滤筛选,通过将含有ploy-Ns和接头的读数以及低质量的数据过滤掉,获得cleanreads。然后从高质量的cleanreads中获得Q30、Q20、序列重复水平和GC含量,....


图4转录本长度分布

图4转录本长度分布

38图4转录本长度分布3.1.2基因功能注释将上一步骤中获得的unigenes与来自7个公共数据库的数据进行比较,这些数据库包括Nr、Nt、SwissProt、KOG/COG(ClusterofOrthologousGroupofproteins)、GO(GeneOntology....



本文编号:3989640

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