脊椎动物trafs和ripks基因家族进化分析和七鳃鳗TRAF3、6和RIPK1功能初探

发布时间：2024-06-10 21:27

　　现存最古老的脊椎动物七鳃鳗是研究分子进化和免疫调控的重要模式生物。肿瘤坏死因子受体相关因子(Tumor Necrosis Factor Receptor-Associated Factor,TRAF)和受体相互作用蛋白激酶(Receptor-Interacting Protein Kinase,RIPK)是哺乳动物免疫系统中重要的接头分子,在TNFα、TLR和IFN信号通路中发挥重要作用。鉴定七鳃鳗traf和ripk家族分子成员的种类、分析脊椎动物traf和ripk家族的进化过程以及研究接头分子的功能,将对揭示脊椎动物traf和ripk家族分子的进化过程及探究七鳃鳗免疫相关的信号通路具有重要意义。1.本文利用生物信息学方法对海七鳃鳗(Petromyzon marinus)和雷氏七鳃鳗(Lethenteron reissneri)的基因组数据进行筛选,确定了七鳃鳗的4种TRAF分子和5种RIPK分子。通过对脊椎动物TRAF和RIPK家族构建系统发育树,预测其motif、结构域组成,分析基因结构及同线性基因,推测其起源和进化关系。脊椎动物TRAF家族的进化是一种共选择的进化模式,即所有的T...

【文章页数】：83 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
英文缩略词对照表
第1章 绪论
    1.1 TNFα通路简介
    1.2 traf基因家族的概述
        1.2.1 traf基因家族的结构和分类
        1.2.2 TRAF蛋白家族的功能
    1.3 ripk基因家族的概述
        1.3.1 ripk基因家族的结构和分类
        1.3.2 RIPK蛋白家族的功能
    1.4 本文研究现状及其重要意义
第2章 脊椎动物traf基因家族起源进化分析
    2.1 生物信息学分析
        2.1.1 数据检索及成员鉴定
        2.1.2 多序列比对及系统发育分析
        2.1.3 Motif预测
        2.1.4 基因结构及结构域预测
        2.1.5 同线性分析
    2.2 结果
        2.2.1 L-traf基因家族成员鉴定
        2.2.2 脊椎动物TRAF蛋白家族系统发育分析
        2.2.3 脊椎动物TRAF蛋白家族Motif分析
        2.2.4 L-TRAF蛋白家族结构域分析
        2.2.5 L-traf基因家族基因结构分析
        2.2.6 L-traf基因家族同线性分析
    2.3 讨论
第3章 脊椎动物ripk基因家族起源进化分析
    3.1 生物信息学分析
    3.2 结果
        3.2.1 L-ripk基因家族成员鉴定
        3.2.2 脊椎动物RIPK蛋白家族系统发育分析
        3.2.3 脊椎动物蛋白家族Motif分析
        3.2.4 L-RIPK蛋白家族结构域分析
        3.2.5 L-ripk基因家族基因结构分析
        3.2.6 L-ripk基因家族同线性分析
    3.3 讨论
第4章 七鳃鳗traf和 ripk基因家族在各组织的分布及不同病原体刺激下的免疫应答
    4.1 方法
        4.1.1 cDNA模板的制备
        4.1.2 实时定量PCR
        4.1.3 统计学方法
    4.2 结果
        4.2.1 实时定量PCR检测L-traf和 L-ripk基因家族的分布情况
        4.2.2 实时定量PCR检测L-traf和 L-ripk基因家族应答三种病原体刺激下表达情况
    4.3 讨论
第5章 七鳃鳗TRAF3a、TRAF6和RIPK1a亚细胞定位及过表达对细胞的影响
    5.1 方法
        5.1.1 分子克隆及真核载体构建
        5.1.2 免疫荧光
        5.1.3 免疫共沉淀
        5.1.4 双萤光素酶报告基因检测
        5.1.5 细胞凋亡检测
        5.1.6 Caspase8 的检测
        5.1.7 统计学方法
    5.2 结果
        5.2.1 pc DNA3.1-TRAF3a、pc DNA3.1-TRAF6和p EGFP-N1-RIPK1a真核载体构建
        5.2.2 L-TRAF3a/6和L-RIPK1a定位于He La细胞的细胞质中且存在共定位
        5.2.3 L-TRAF3a/6与L-RIPK1a存在相互作用
        5.2.4 过表达L-TRAF3a、L-TRAF6和L-RIPK1a对 NF-κB和ISRE的影响
        5.2.5 过表达L-TRAF3a、L-TRAF6和L-RIPK1a诱导He La细胞凋亡
        5.2.6 过表达L-TRAF3a、L-TRAF6和L-RIPK1a对 caspase8 的影响
    5.3 讨论
结论
本论文的创新点
参考文献
附录 A 实验试剂及设备
附录 B 七鳃鳗traf和 ripk基因家族序列号
附录 C 基于最大似然法构建的系统发育树
附录 D L-RIPK1 同源序列比较
附录 E q RT-PCR熔解曲线
附录 F 质粒图谱
攻读硕士学位期间发表学术论文情况
致谢



本文编号：3991922