白桦AP2/ERF家族基因的生物信息学分析

发布时间：2024-06-27 23:11

　　从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存在差异;白桦AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位点,但含有磷酸化位点的数量和种类上都有差异;白桦AP2/ERF蛋白大都定位在细胞核里,它们主要在细胞核中对下游基因进行转录调控;同一家族蛋白具有相同的三级结构及相同的motif,不同家族之间则存在差异。分析结果为白桦ERF基因功能研究提供参考。

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【部分图文】：

图1白桦和拟南芥AP2/ERF家族蛋白的系统进化树

对筛选出的45条白桦AP2/ERF蛋白序列和分布在AP2/ERF各家族的45条拟南芥蛋白序列进行多序列比对及系统进化分析(图1)。与拟南芥的分类结果相似,白桦AP2/ERF超家族蛋白在AP2家族、ERF家族、RAV家族和soloist家族中都有成员分布,ERF家族蛋白根据保守序列....

图2不同家族AP2/ERF蛋白的三级结构预测

由图2可以看出DREB亚家族的A4、A5、A6和ERF亚家族的B1、B2、B3、B4、B5、B6组的三级结构相似,都含有3个β折叠和1个α螺旋,因为它们同属于ERF家族,只含有1个AP2结构域;AP2和RAV家族蛋白的三级结构较ERF家族复杂,因为AP2家族含有2个AP2结....

图3AP2结构域的基序

通过MEME在线软件分析白桦AP2/ERF家族蛋白序列motif,预期元件数量设置为5,搜索到5个AP2/ERF蛋白保守结构域的motif(图3)。其中motif1为RAYD,motif2为YRG,这2个motif是AP2/ERF家族蛋白的保守结构域。除ERF36外的所有白桦....

图4白桦AP2/ERF蛋白基序

图3AP2结构域的基序从图4可以看出,除ERF38只包含motif1和motif2外,DREB亚家族的A4～A6组和ERF亚家族的B1～B6组蛋白都同时包含motif1、motif2和motif3。说明ERF家族蛋白的保守结构域相似。AP2家族成员都包含motif....

本文编号：3996078