肺腺癌基因表达谱分析及CDC20、TOP2A表达的临床意义

发布时间：2024-06-28 00:08

　　目的:肺腺癌(ADC),作为非小细胞肺癌(NSCLC)的一个组织学亚型,占所有肺癌确诊病例的40%,也是肺癌中最常见的组织学类型。本研究通过对GEO及TCGA肺腺癌基因表达谱的分析,挖掘出与肺腺癌预后负相关的中枢上调基因,并且对其进行m RNA水平及蛋白水平的验证,本研究的目的在于找出新的肺腺癌生物学标记物及潜在的分子治疗靶点,以改善肺腺癌患者的生存质量。方法:本研究分为生物信息学分析及实验验证两部分。第一部分中,我们从GEO数据库下载了三个肺腺癌数据集的基因表达谱-GSE10072(肿瘤58例,正常49例)、GSE43458(肿瘤80例,正常30例)、GSE83213(肿瘤11例,正常46例),我们还通过RTCGA数据包在R语言环境中下载了TCGA肺腺癌数据集的基因表达谱(肿瘤517例,正常59例)。然后我们运用limma包及edge R分别对GEO的三个数据集及TCGA数据集进行了差异基因的筛选,并运用STRING数据库及Cytoscape可视化工具挑选出了一系列中枢上调基因。将这些中枢上调基因在TCGA中做了生存分析,最终得到了与患者预后负相关的中枢上调基因。第二部分中,我们将第...

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【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图1.1反映四个数据集中差异基因的火山图

天津医科大学硕士学位论文越明显。由图1可见三个GEO数据集中的上下调基因分布较为均匀，而TCG数据集中的上调基因较下调基因多，且差异倍数也较为明显。图1.2为每个数集筛选得到的差异基因热图（TCGA的热图因基因太多故只展示了前50个基因其横坐标为样本名称，纵坐....

图1.2反映四个数据集中差异表达基因的热图

图1.3反映四个数据集共同上下调基因的韦恩图

图1.3反映四个数据集共同上下调基因的韦恩图表1.2在GSE10072、GSE43458、GSE83213和TCGA中筛选出的共同DEGsDEGsGenenamesUp-regulatedMMP7,CXCL13,COL1A1,F2RL1,TOX3,....

图1.4Cytoscape筛选得到的中枢基因及筛选中枢上调基因的韦恩图

15图1.4Cytoscape筛选得到的中枢基因及筛选中枢上调基因的韦恩图

本文编号：3996146