烟草bZIP基因家族的鉴定及其A亚族在ABA处理下的表达分析

发布时间：2024-07-08 23:17

　　为鉴定烟草中bZIP转录因子并验证其部分基因在非生物胁迫诱导中的响应机制,本研究基于最新的烟草基因组测序结果对bZIP基因家族进行了全基因组鉴定及生物信息学分析,并在ABA处理下对其A亚族的18个基因进行了转录水平检测。结果表明,利用基于隐马尔可夫模型的Hmmer软件和Pfam的在线蛋白结构预测,在烟草全基因中总共鉴定得到105个包含bZIP保守结构域的基因,其蛋白序列长度分布为112～973,蛋白分子量分布为12 913.63～104 640.38 Da,保守结构域序列长度在35～59,等电点分布在4.91～9.79,都属于亲水蛋白。对获得的全部烟草bzip家族序列构建系统进化树,以拟南芥的71个bZIP序列为对照,将其划分为10个亚族,即A～I和S。通过MEME在线软件预测出烟草bZIP基因家族有20个模体结构,其中motif 1普遍存在于103个蛋白之中,每一个亚族中模体的种类和数目都是相似的,说明了亚族分组的可靠性。通过对普通烟草在ABA处理下bZIP基因家族中的A亚族基因的转录水平表达模式分析表明,18个基因受到诱导表达,表达量均出现上调,但最大值出现的时间不同,说明bZIP...

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【部分图文】：

图1普通烟草和拟南芥bZIP基因家族的系统进化树

利用MEME对bZIP蛋白质全长序列进行蛋白结构分析，并将其按结构相似性聚类，一共得到20个motif(图2)，其中motif1存在于103条序列之中(除C亚族的Nitab4.5＿0003279g0030基因和S亚族的Nitab4.5＿0003313g0060基因的序列中没有m....

图2普通烟草bZIP家族转录因子的模体分布

拟南芥bZIP基因家族中A亚族的成员中大部分参与ABA信号途径，在响应干旱和盐胁迫等非生物胁迫中起着非常重要的作用(Lopez-Molinaetal.2001;Vittaletal.,2014;Fernandoetal.,2018)。因此本研究选择了烟草中对应的bZ....

图2普通烟草bZIP家族转录因子的模体分布

图2普通烟草bZIP家族转录因子的模体分布1.5A亚族基因在ABA处理下的表达分析

图3普通烟草bZIP基因家族A亚族成员基因结构

A亚族的18个基因的表达均受到ABA处理的诱导，但表达量上调的水平和趋势存在差异(图4)。在ABA处理中，3个基因(Nitab4.5＿0001692g0020,Nitab4.5＿000249g0370,Nitab4.5＿0001428g0140)表达量呈现出一直上升的趋势，在24....

本文编号：4004025