一个木薯候选STK类抗病基因的分离及其生物信息学分析

发布时间：2017-07-02 20:20

  本文关键词：一个木薯候选STK类抗病基因的分离及其生物信息学分析

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【摘要】：根据丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶类(STK)结构域Ⅰ和Ⅷ氨基酸保守序列设计了1对简并引物,以细菌性萎蔫病抗/感木薯种质E1340和GR911基因组DNA为模板,通过PCR扩增,均获得大小约0.5 kb的扩增片段。两个片段纯化、克隆、测序后获得完全一致的505 nt序列,比对发现,木薯种质AM560带有和该序列高度同源的核苷酸片段。对包括同源片段上下游各约2.0 kb的大片段序列进行基因预测,获得1个有4个外显子、ORF全长1866 nt的预测基因,命名SSK1。序列分析表明,该基因编码621 aa,有细胞壁受体激酶结合、偶联位点和8个跨膜结构域,具有典型的STK类抗病基因的保守结构,是一个候选的抗病基因,可能在木薯抗病反应中发挥重要作用。
【作者单位】： 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带农业有害生物监测与控制重点实验室;
【关键词】： 木薯 候选抗病基因 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶
【基金】：农业部现代农业人才支撑计划项目(No.0316001) 国家木薯现代产业技术体系建设项目(No.CARS-12-hnhgx) 海南省自然科学基金(No.20153046)
【分类号】：S533
【正文快照】： Abstact One pair of degenerated primers were designed based the domain I and VIII of the Serine/Threonine(STK)kinase-like proteins.Cassava germplasm E1340 and GR911 were resistant andsusceptible to cassava bacterial blight separately,and their genome DNA

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