寡孢节丛孢中milRNAs 764、799的基因敲除及其靶基因与功能的预测
本文关键词：寡孢节丛孢中milRNAs 764、799的基因敲除及其靶基因与功能的预测
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【摘要】：寡孢节丛孢(Arthrobotrys oligospora)是最早报道的能以粘性菌网捕捉线虫的捕食线虫真菌。本论文以寡孢节丛孢milRNAs 764、799为实验对象(因为之前通过预测与实验证明milRNA764可以与qde-2蛋白结合成RNAi复合体,可能在寡孢节丛孢捕器形成过程中发挥作用。而且经过筛选这两个小RNAs都是表达量较好的milRNAs,所以本论文要研究这两个milRNAs的功能。),采用基因敲除手段初次研究了在寡孢节丛孢生长发育过程中这两个milRNAs的功能,并用InterProScan等软件预测了其靶基因及其靶基因的功能。主要取得以下实验结果：电转化酵母,构建了milRNAs编码基因的敲除载体,运用CaCl2-PEG介导的转化方法对寡孢节丛孢原生质体进行了转化。结果显示,这两个milRNAs的敲除株在菌落生长速度及大小,孢子产生,逆境生长等方面与野生型的寡孢节丛孢并没有什么区别。但是,milRNA799在尿素诱导过程中捕器产生的数目少于野生型。最后本文用RNAhybrid, pita, targetscan, miranda, RNA22等软件对靶基因进行了预测,筛选出了最可能的靶基因。并通过blast, InterProScan预测了milRNAs 764、799靶基因的功能。本文创新点：1.对寡孢节丛孢中两个milRNAs 764、799编码基因进行了敲除,比较了野生型与敲除突变株的表型,并对这两个milRNAs的功能进行了初步预测。2.筛选出了这两个milRNAs最可能的靶基因并对这些靶基因进行了功能方面的预测。
【关键词】：寡孢节丛孢 milRNAs 基因敲除 捕器 靶基因
【学位授予单位】：云南大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：Q78;S476
【目录】：
- 摘要3-4
- Abstract4-7
- 第一章 研究综述7-19
- 1.1 捕食线虫真菌的生物防治7-10
- 1.1.1 线虫的危害7-8
- 1.1.2 捕食线虫真菌—线虫的克星8-9
- 1.1.3 寡孢节丛孢的研究现状9-10
- 1.2 小RNA的简介及功能研究进展10-19
- 1.2.1 小RNA的种类11-12
- 1.2.2 小RNA的生成途径12-14
- 1.2.3 小RNA生成途径中的关键蛋白因子14
- 1.2.4 小RNA的作用机制14-16
- 1.2.5 小RNA的功能及应用16-19
- 第二章 MilRNAs编码基因敲除载体的构建19-31
- 2.1 前言19-20
- 2.2 实验用品及仪器20-22
- 2.2.1 实验菌株和质粒20
- 2.2.2 实验所用的培养基20-21
- 2.2.3 实验药品及试剂21
- 2.2.4 主要仪器及设备21-22
- 2.3 实验方法22-25
- 2.3.1 敲除片段的引物设计22
- 2.3.2 寡孢节丛孢总DNA提取22
- 2.3.3 质粒pSCN44的提取22
- 2.3.4 扩增目的片段22-24
- 2.3.5 扩增及酶切基因的胶回收24
- 2.3.6 酵母感受态制备及电转24-25
- 2.3.7 酵母转化子质粒提取25
- 2.4 实验结果25-29
- 2.4.1 寡孢节丛孢中2个milRNAs编码基因同源片段及hph扩增25-26
- 2.4.2 pRS426质粒酶切结果26
- 2.4.3 酵母的电转结果26-27
- 2.4.4 验证酵母转化子27-29
- 2.5 讨论与小结29-31
- 第三章 寡孢节丛孢原生质体转化和验证31-41
- 3.1 前言31
- 3.2 实验用品及仪器31-32
- 3.2.1 实验菌株31
- 3.2.2 主要溶液及培养基31-32
- 3.2.3 药品及试剂32
- 3.2.4 主要仪器及设备32
- 3.3 实验方法32-35
- 3.3.1 敲除载体全长片段扩增及回收32
- 3.3.2 寡孢节丛孢原生质体的制备32
- 3.3.3 寡孢节丛孢原生质体的转化32-33
- 3.3.4 寡孢节丛孢敲除转化子基因组提取33
- 3.3.5 敲除转化子的PCR验证33
- 3.3.6 敲除转化子的Southern blot验证33-35
- 3.4 实验结果35-39
- 3.4.1 原生质体转化子验证35-36
- 3.4.2 Southern blot验证敲除株36-39
- 3.5 讨论与小结39-41
- 第四章 寡孢节丛孢野生型菌株与敲除菌株的表型比较41-61
- 4.1 前言41
- 4.2 实验用品及仪器41-42
- 4.2.1 实验菌株41
- 4.2.2 主要培养基41
- 4.2.3 主要药品41
- 4.2.4 主要仪器及设备41-42
- 4.3 实验方法42-43
- 4.3.1 生长速率的比较42
- 4.3.2 孢子产生的比较42
- 4.3.3 产捕器比较42-43
- 4.3.4 抗逆生长情况比较43
- 4.4 实验结果43-59
- 4.4.1 生长速率比较43-48
- 4.4.2 孢子产生的比较48-49
- 4.4.3 产捕器比较49-54
- 4.4.4 抗逆生长情况比较54-59
- 4.5 讨论与小结59-61
- 第五章 MilRNAs 764、799靶基因及其功能预测61-67
- 5.1 MilRNAs 764、799靶基因的预测61-63
- 5.2 MilRNAs 764、799靶基因功能的预测63-65
- 5.3 小结及展望65-67
- 参考文献67-70
- 附录70-72
- 硕士期间发表论文及所获奖励72-73
- 致谢73
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