与肝癌浸润相关候选基因的生物信息学分析

发布时间：2017-08-01 20:13

  本文关键词：与肝癌浸润相关候选基因的生物信息学分析

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【摘要】：目的通过功能富集与网络分析方法,对肝癌浸润相关候选基因进行生物信息学分析,旨在从分子水平系统探究肝癌浸润的发病机制,并为后续实验提供一些有意义的信息。方法首先,从与肝癌相关公共数据库Liverome下载与肝癌浸润相关的差异表达基因,共涉及278个相关候选基因。然后,通过Topp Fun、STRING、Network Analyzer等生物信息学分析工具,对涉及的278个与肝癌浸润相关候选基因进行系统的分析。最后,通过网络映射分析方法,对与肝癌浸润相关候选基因进行关键基因(Hub Gene)筛选,并通过i HOP在线软件,以及Pubmed文献检索方法对这些基因进行文献挖掘分析。结果通过对与肝癌浸润相关候选基因进行功能富集分析发现,这些基因主要参与细胞周期与增殖、细胞迁移与黏附、细胞骨架、血管形成等生物过程,而且这些基因共表达于肝癌与肝癌转移上调和下调等基因功能。对相关基因进行通路富集分析发现,这些基因参与调控细胞周期与增殖、能量供给、赖氨酸降解等生物通路,对肝癌浸润的发生、发展发挥调控作用。除此之外,通过网络分析方法,找到PLK1、AURKB、CDC20、CDK4、MCM3等20个处于网络关键节点的基因(Hub Gene)。之后,通过文献检索方式,对关键基因进行与肝癌浸润相关的功能验证,发现并预测CDC20、CDCA8、NUP37、ZWINT基因与肝癌浸润过程存在关联但作用机制尚未被挖掘。结论利用生物信息学手段,能够有效分析肝癌浸润的相关基因,并可以从分子水平系统探究其发病机制,为临床诊疗及后续实验提供一些有价值的信息。
【作者单位】： 天津医科大学三中心临床学院·天津市第三中心医院肝胆外科 天津市人工细胞重点实验室 天津市肝胆疾病研究所;天津医科大学生物医学工程与技术学院;
【关键词】： 肝癌 浸润生长 生物信息学 生物工程 生物通路
【基金】：天津市卫生和计划生育委员会科学基金攻关项目(12KG107)
【分类号】：R735.7;Q811.4
【正文快照】： 肝癌(hepatocelluar carcinoma,HCC)根治手术5年生存率40%~50%[1],其5年复发率仍高达54.1%~61.5%[2]。HCC出现转移和复发与多种因素有关,其中HCC浸润是一个非常重要的因素。有报道指出,HCC患者进行原位肝移植术后,其复发风险高低依赖于是否有HCC血管浸润,若有微小(micro)血管

【参考文献】

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【共引文献】

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10 罗e，

本文编号：605990