短小芽孢杆菌实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

发布时间：2017-08-20 01:04

  本文关键词：短小芽孢杆菌实时荧光定量PCR分析中内参基因的筛选

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【摘要】：为了利用荧光定量PCR方法分析短小芽孢杆菌的基因表达水平,需要首先确定适合该菌株的荧光定量PCR分析内参基因。以短小芽孢杆菌的16S rRNA、mecA、cadR、rpoB及sphP共5个基因作为候选内参基因,利用实时荧光定量PCR的方法分析这5个候选基因在短小芽孢杆菌发酵培养不同时间点的表达情况,再用geNorm和NormFinder软件评估它们的表达稳定性。结果显示,利用geNorm软件分析得出16S rRNA和mecA是表达最稳定的基因,最适内参基因数为2。NormFindr软件分析得出mecA为最稳定的基因。对短小芽孢杆菌3个功能基因的差异表达分析结果表明,16S rRNA和mecA都是合适的内参基因,而mecA基因由于表达丰度适中,更适合于作为内参基因研究结构基因的表达。为了得到更准确的差异表达结果,也可用两个基因同时进行校正。
【作者单位】： 四川大学生命科学学院;
【关键词】： 短小芽孢杆菌 实时荧光定量PCR 内参基因 geNorm NormFinder
【基金】：国家高技术研究发展计划(“863”计划)(2012AA022204)
【分类号】：Q78
【正文快照】： 近年来,实时荧光定量PCR技术已被广泛应用于不同生物基因表达的绝对定量和相对定量研究,这项技术因具有高灵敏性、高效性、准确性和重复性好等特点,已成为分子生物学研究领域基因表达分析的重要方法之一,被大量用于分析基因在不同发育时期以及经过不同处理的样本间的表达差异

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本文编号：703826