新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

发布时间：2017-09-03 05:12

  本文关键词：新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

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【摘要】：目的分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤(hypoxic-ischemic brain damage,HIBD)后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义。方法从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus database,GEO)中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777。该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组。采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因(differentiallyexpressed genes,DEGs)的筛选,应用Cytoscape插件ClueGO+Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络。通过相互作用基因库检索工具(Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING)数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析。结果 HIBD组共发现973DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调。DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路。HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调。PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调。结论生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调。新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程。
【作者单位】： 四川大学华西第二医院儿科出生缺陷与相关妇儿疾病教育部重点实验室;
【关键词】： 新生大鼠 缺氧缺血性脑损伤 差异性表达基因 基因富集 蛋白质相互作用
【基金】：国家自然科学基金青年基金(No.81300524) 四川省卫生和计划生育委员会科研课题(No.150107)资助
【分类号】：R722.1
【正文快照】： 新生儿缺氧缺血性脑病(hypoxic-ichemicencephalopathy,HIE)是导致新生儿死亡和遗留慢性脑损伤的主要疾病,存活者可遗留脑瘫、精神运动发育迟滞及认知障碍等后遗症,影响患儿的生存和生活质量[1]。既往针对HIE的研究主要关注于缺氧缺血性脑损伤(hypoxic-ischemic brain damage,

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本文编号：783043