寨卡病毒基因序列分析及核酸检测方法

发布时间：2017-09-27 10:40

  本文关键词：寨卡病毒基因序列分析及核酸检测方法

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【摘要】：目的分析寨卡病毒基因组序列特征,建立寨卡病毒的核酸检测方法。方法构建81种虫媒传播黄病毒和寨卡病毒的系统进化树,比较寨卡病毒与登革病毒4型、日本脑炎病毒的核酸和氨基酸序列差异,分析亚洲型和非洲型寨卡病毒基因变异位点,尤其是中国的4株输入性寨卡病毒基因序列。通过比较亚洲型和非洲型寨卡病毒全基因组核酸序列,设计一组寨卡病毒实时荧光定量PCR检测的引物和探针,并检测其敏感性与特异性。结果 81种虫媒传播黄病毒中,寨卡病毒与Spondweni、Kedougou病毒同源性最近。全基因组核酸序列比较结果显示寨卡病毒与登革病毒4型的同源性比日本脑炎病毒更近,而氨基酸序列比较结果显示寨卡病毒与日本脑炎病毒的同源性更近。与传统亚洲型寨卡病毒比较,广东GD01株有5个氨基酸突变位点,广东GDZ16001株有3个,浙江ZJ03株有6个,赣县VE Ganxian株有33个。所设计的PCR引物和探针对质粒标准品检测呈阳性,检测下限为100拷贝/mL,对细胞培养的寨卡病毒RNA检测呈阳性,而对登革病毒1~4型和日本脑炎病毒检测呈阴性。结论寨卡病毒与Spondweni病毒同源性最近,赣县VE Ganxian株的高变异显示寨卡病毒正在快速变异。本研究设计的PCR引物和探针可用于亚洲型和非洲型寨卡病毒株检测,具有较高的敏感性和特异性。
【作者单位】： 第二军医大学热带医学与公共卫生学系生物防御教研室上海市医学生物防护重点实验室;第二军医大学学员旅学员7队;
【关键词】： 寨卡病毒 病毒基因组 RNA序列分析 核酸检测 亚洲
【基金】：上海市卫生与计划生育委员会课题(20154Y125) 上海市公共卫生三年行动计划重点学科建设项目(15GWZK0103)~~
【分类号】：R511;R440
【正文快照】： [Acad J Sec Mil Med Univ,2016,37(6):661-667]寨卡病毒(Zika virus)为单正链RNA病毒,是黄病毒科黄病毒属成员,基因组由10 794个核苷酸组成(MR 766,NC_012532),编码3个结构基因(核衣壳蛋白C、膜蛋白M和包膜蛋白E)和7个非结构基因(NS1、NS2a、NS2b、NS3、NS4a、NS4b和NS5)。寨

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