利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

发布时间：2017-09-28 09:04

  本文关键词：利用超级集群分离分析法鉴别大豆增变基因

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【摘要】：【目的】利用大豆基因组Wm82.a2.v1及HapMap数据来鉴别大豆中可能存在的增变基因。【方法】将大豆HapMap数据(包含19 652份大豆种质在52 041个位点上的分型结果)预处理后,利用改进的超级集群分离分析法,选取滑动窗口大小、步长及阈值大小为参数,对预处理后的大豆种质数据进行分析,测算大豆点突变比率及突变热点区数目,并将点突变比率及突变热点区数目与分子标记进行关联性分析,从强关联区内挖掘候选增变基因,用大豆基因组Wm82.a2.v1对其功能进行初步推测。【结果】大豆HapMap数据预处理后,15 391份大豆种质点突变比率为0.089~0.531,平均变异率为0.261;突变热点区数目为5~1 324个,平均每份种质包含347.8个突变热点区。超级集群分离分析结果表明,Gm16上的29 153 474-30 604 603bp和Gm17上的12 133 293-12 147 725bp片段为与点突变比率和突变热点区数目2个表型同时存在强关联的区域;其中Gm16上的Glyma16g26440.1和Gm17上的Glyma17g15420.1同属于nudix水解酶基因家族,推测其与基因组突变有关。【结论】Glyma16g26440.1和Glyma17g15420.1 2个nudix水解酶基因家族成员都与点突变比率和突变热点区数目存在强关联,可作为大豆基因组候选增变基因。
【作者单位】： 南阳师范学院农业工程学院;
【关键词】： 大豆 突变热点 增变基因 超级集群分离分析 nudix水解酶基因
【基金】：南阳师范学院科研基金项目(ZX2015012)
【分类号】：Q943.2;S565.1
【正文快照】： 大豆是重要的油料作物和植物蛋白的主要来源。目前大豆育种的常规方法是将两亲本进行杂交,再通过后代连续的自交选择获得新的大豆种质。由于大豆异花授粉难度很大,与玉米等作物相比,无法产生较为丰富的变异类型,而通过化学或物理的方式进行人工诱变,可以获得较为丰富的变异类，

本文编号：934949