猪DNAH2和NDEL1基因的多态性与肉质性状的关联性分析及其在组织间表达差异性研究

发布时间：2017-10-03 01:04

  本文关键词：猪DNAH2和NDEL1基因的多态性与肉质性状的关联性分析及其在组织间表达差异性研究

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【摘要】：本研究以中国地方品种猪沙子岭猪、宁乡猪、桃源黑猪、大围子猪以及外来猪种大白猪5个猪种为研究对象,采用PCR-RFLP方法分别对DNAH2基因和NDEL1基因的遗传多态性进行分析,计算其基因频率及基因型频率,并与猪肉质性状进行关联分析。同时还利用实时荧光定量PCR技术检测分析了两个基因分别在不同品种猪间及不同组织中表达差异性,结果如下:采用PCR-RFLP方法并结合PCR产物测序比对结果发现DNAH2基因在-488位点上存在G→C突变,利用限制性内切酶PvuⅡ酶切PCR产物,进行基因分型,结果表明在所选的各个品种猪中存在多态性。该基因与肉质性状关联分析表明,GC型个体的背膘厚和眼肌面积与GG型呈显著性差异(P0.05);在失水率方面,GG型的值均显著高于CC型和GC型(P0.05),其余肉质性的基因型之间不存在显著性差异。利用实时荧光定量PCR分析DNAH2基因在不同猪种和不同组织间的表达水平得出:除背肌外,DNAH2基因在大白猪各个组织中的表达量均高于沙子岭猪相同组织中,且呈现出极显著差异性(P0.01)。在大白猪的不同组织间,DNAH2在脾脏中的表达量最高,为1.38。背最长肌中的表达量极显著低于其余各组织(P0.01)。在沙子岭猪的各组织中,DNAH2基因在背最长肌和胰脏中的表达量均极显著高于其余组织(P0.01),盲肠中的表达量与腿肌和脾脏呈极显著差异(P0.01),与肺、小肠呈显著性差异(P0.05)。采用限制性内切酶Taq I酶切PCR产物,利用PCR-RFLP方法对NDEL1基因进行基因分型表明各品种猪在-509T→C位点均存在多态性。基因型与肉质关联分析得出:CC型个体的屠宰率显著性低于TC型和TT型(P0.05);在眼肌面积和失水率方面,TT基因型与CC型和TC型呈显著性差异(P0.05);其余肉质性状基因型之间差异性不显著。实时荧光定量PCR分析其表达水平结果表明,同组织不同品种猪间,除肝脏外,NDEL1基因在其余各组织中的表达量均呈极显著差异性(P0.01)。大白猪不同组织间差异性分析得出,心脏、胰、腿肌、肾、小肠相互之间且与其余各组织均呈极显著差异(P0.01)。在沙子岭猪的各个组织中,NDEL1基因在脾脏和肾中的表达量均极显著高于其余组织且二者之间也呈现出极显著差异(P0.01)。
【关键词】：猪 DNAH2基因 NDEL1基因 PCR-RFLP 荧光定量PCR技术
【学位授予单位】：甘肃农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：S828
【目录】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-9
• 第一章文献综述9-24
• 前言9
• 1、猪肉质性状的研究9-13
• 1.1 肌内脂肪含量10
• 1.2 肉色10-11
• 1.3 pH值11
• 1.4 系水力11-12
• 1.5 嫩度12
• 1.6 风味12-13
• 2、猪肌内脂肪的主效基因和候选基因13-17
• 2.1 主效基因13-14
• 2.2 候选基因14-17
• 3、DNA分子标记17-21
• 3.1 限制性片段长度多态性(RFLP)18
• 3.2 随机扩增多态性DNA (RAPD)18-19
• 3.3 微卫星DNA(SSR)19-20
• 3.4 扩增片段长度多态性(AFLP)20
• 3.5 单链构象多态性(SSCP)20-21
• 3.6 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，，SNP)21
• 4、DNAH2基因的研究进展21-22
• 5、NDEL1基因的研究进展22
• 6、目的与意义22-24
• 第二章 DNAH2和NDEL1基因的多态性及其与肉质性状的关联分析24-38
• 1、试验材料24-25
• 1.1 样品的采集24
• 1.2 试验仪器设备24-25
• 1.3 试验试剂及其配制方法25
• 1.4 试验分子生物学软件25
• 2 试验方法25-30
• 2.1 DNA的提取25-26
• 2.2 DNA浓度的检测26
• 2.3 引物设计和PCR扩增及检测26-28
• 2.4 筛选SNP位点28
• 2.5 PCR产物的酶切28-29
• 2.6 种群遗传学统计分析29-30
• 3、结果与分析30-38
• 3.1 DNA的提取结果30-31
• 3.2 PCR扩增及产物检测结果31
• 3.3 突变位点的寻找31-32
• 3.4 酶切结果的检测32-33
• 3.5 DNAH2基因和NDEL1基因多态性在不同猪种中的分布33-35
• 3.6 DNAH2基因和NDEL1基因多态性与肉质性状关联分析35-38
• 第三章 DNAH2基因和NDEL1基因在不同品种猪和组织间的表达差异分析38-49
• 1、试验材料38-39
• 1.1 样品采集38
• 1.2 试验仪器38-39
• 1.3 试验试剂39
• 2、试验方法39-43
• 2.1 RNA的提取39-40
• 2.2 RNA的琼脂糖凝胶电泳检测40
• 2.3 RNA反转录40-41
• 2.4 荧光定量PCR引物设计41-42
• 2.5 荧光定量PCR反应体系及反应条件42
• 2.6 数据统计分析42-43
• 3、结果与分析43-49
• 3.1 DNAH2基因荧光定量PCR结果43-46
• 3.2 NDEL1基因荧光定量PCR结果46-49
• 第四章 讨论与结论49-54
• 1、DNAH2基因和NDEL1基因SNP的检测方法49-50
• 2、DNAH2基因和NDEL1基因多态性分析50-51
• 2.1 DNAH2基因多态性分析50-51
• 2.2 NDEL1基因多态性分析51
• 3、DNAH2基因和NDEL1基因与肉质性状的关联分析51-52
• 3.1 DNAH2基因与肉质性状的关联分析51-52
• 3.2 NDEL1基因与肉质性状的关联分析52
• 4、结论52-54
• 参考文献54-62
• 致谢62-63
• 导师简介63-64
• 作者简介64-65

【参考文献】

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本文编号：962248