番茄根际和根内生细菌群落结构组成、多样性、演替及其功能分析
发布时间：2020-12-21 22:34
植物根际土壤和根组织内栖息着丰富多样的微生物,这些微生物在植物的生长、发育、健康以及产量等方面发挥着重要的作用。理解植物根际和根内生微生物种类组成、结构、多样性及其功能,对于理解植物微生物形成机制和生态学功能、解析微生物-植物-病害相互作用机制、以及挖掘和开发新的植物促生和病害防治资源与策略具有重要的意义。本课题以番茄为材料,采用基于高通量测序与宏基因组学研究了番茄根际与根内生细菌菌群结构和多样性,栽培品种和土壤对植物微生物的影响,不同生长时期番茄根微生物菌群结构和多样性变化以及番茄根微生物组主要功能特性等。结果表明,番茄根际细菌主要由 Acidobacteria Subgroups、Burkholderiales、Cytophagales、Gemmatimonadales、Rhizobiales、Sphingobacteriales、Sphingomonadales、Xanthomonadales 等优势种群组成,分属于 Acidobacteria、Bacteroidetes、Gemmatimonadetes和Proteobacteria等细菌门。而根内生细菌主要由Bacillus、...
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：111 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１稀释曲线（Ａ：番茄品种试验；Ｂ：?土壤类型试验）??Ｆｉｇ．１－１?Ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ?ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅｓ?ｆｏｒ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ．?（Ａ：?Ｔｈｅ?ｔｏｍａｔｏ?ｃｕｌｔｉｖａｒ?
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ?的?Ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ，以及?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?的?Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ?和?ＴＲＡ３－２０?具有较??低的ＯＴＵｓ丰度；而属于Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ的Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌａｌｅｓ却具有较高的ＯＴＵｓ丰度??（图１－４）。此外，基于丰度最高ＯＴＵｓ的聚类分析也表明，不同的样本（品种或亚??种的分类差异）没有明显的聚集趋势（图１－４）。??采用基于ＯＴＵ的Ａｌｐｈａ多样性（ＯＴＵ数、Ｃｈａｏｌ指数、ＡＣＥ指数、Ｓｈａｎｎｏｎ??指数及Ｓｉｍｐｓｏｎｓ指数）分析和对比不同番茄品种根际细菌的多样性（图１－５Ａ、Ｂ、??Ｃ，表１－５）。稀释曲线图表明所有样本的数据量合理，且每个样本中大多数的ＯＴＵｓ??都被检测到（图１－１Ａ）。此外，所有样品的覆盖率（Ｃｏｖｅｒａｇｅ）指数都在９２％以上，??说明测序深度足够（表１－５）。??八?Ｃ?Ｈｕｉｔｌ?Ｉｔｕｌｃｘ?Ｈ?ＳｌｉｉｌｉＭＨｉｄ?ｉｉｔｔｌｃｘ??Ｊ４ＵＯ?Ｖｓ???＝??９．７?—?＿＿＿?—?？??－－Ｂ?｜?曰？＇?ｒｉＰ?ｐ??９，?＿?二１?＿?—」＝＿?－Ｌ——Ｉ?—?＾＿＿－??“?－?—?鬥?「＿??１?－?．?Ｉ?．???????２４００?－??－??ｕｐ?ｉｉｓ?ｉｎ?＼＼７?ｍｃ．?ｑｋ?ｒ？?＼ｙ?ｖｒ?７＼?ｉｉｐ?ｉｉｓ?ｉｒｒ?ｕ／?ｍ＜，?Ｔｔ、?ｘｚ?ｖｒ?ｚｗ??Ｃ?ＯＴＵ?ｎｕｍｂｅｒ?Ｄ??２３００
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【参考文献】：
期刊论文
[1]根际微生物研究概况[J]. 麦靖雯,黎瑞君,张巨明. 现代农业科技. 2017(13)
[2]番茄根内生假单胞菌的分离与鉴定[J]. 马荣琴,曹毅,周俊雄,叶朝松,张媞,陈明波,马绍城,田宝玉. 生物技术. 2015(06)
[3]不同质地土壤烟株根际微生物菌群变化分析[J]. 王淑玉,李小龙,李红丽,曾强,王岩,林卿,田甜,孙妍. 湖南农业科学. 2015(03)
[4]植物根际微生物的影响因素研究进展[J]. 徐文静,靳晓东,杨秋生. 河南农业科学. 2014(05)
[5]番茄内生细菌种群动态分析及拮抗菌株的筛选[J]. 王美琴,刘慧平,韩巨才,路涛. 中国农学通报. 2010(09)
[6]植物内生细菌的侵染定殖规律研究进展[J]. 路国兵,张瑶,冀宪领,牟志美,高绘菊,吴绪东. 生物技术通报. 2007(03)
[7]石油污染土壤修复植物的根-土界面微生物特征[J]. 蔺昕,李培军,孙铁珩,李晓军,孙丽娜. 应用生态学报. 2007(03)
[8]广西番茄内生细菌的多样性和数量动态[J]. 黎起秦,谢义灵,林纬,韦继光,罗宽. 生物多样性. 2006(06)
[9]番茄茎内生细菌的分离鉴定及青枯病拮抗菌的筛选[J]. 胡青平,徐建国,刘会龙,陈五岭,朱战烨. 西北植物学报. 2006(10)
[10]根际微生物研究进展[J]. 陆雅海,张福锁. 土壤. 2006(02)
博士论文
[1]豆科植物根际和根瘤内生细菌群落结构、变化规律及其影响因素研究[D]. 肖潇.西北农林科技大学 2017
硕士论文
[1]谷子根际营养及根际微生物的研究[D]. 范博.山西农业大学 2016
本文编号：2930631
【文章来源】：福建师范大学福建省
【文章页数】：111 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
图１－１稀释曲线（Ａ：番茄品种试验；Ｂ：?土壤类型试验）??Ｆｉｇ．１－１?Ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌ?ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ?ｃｕｒｖｅｓ?ｆｏｒ?ａｌｌ?ｓａｍｐｌｅｓ．?（Ａ：?Ｔｈｅ?ｔｏｍａｔｏ?ｃｕｌｔｉｖａｒ?
Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ?的?Ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ，以及?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?的?Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ?和?ＴＲＡ３－２０?具有较??低的ＯＴＵｓ丰度；而属于Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ的Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌａｌｅｓ却具有较高的ＯＴＵｓ丰度??（图１－４）。此外，基于丰度最高ＯＴＵｓ的聚类分析也表明，不同的样本（品种或亚??种的分类差异）没有明显的聚集趋势（图１－４）。??采用基于ＯＴＵ的Ａｌｐｈａ多样性（ＯＴＵ数、Ｃｈａｏｌ指数、ＡＣＥ指数、Ｓｈａｎｎｏｎ??指数及Ｓｉｍｐｓｏｎｓ指数）分析和对比不同番茄品种根际细菌的多样性（图１－５Ａ、Ｂ、??Ｃ，表１－５）。稀释曲线图表明所有样本的数据量合理，且每个样本中大多数的ＯＴＵｓ??都被检测到（图１－１Ａ）。此外，所有样品的覆盖率（Ｃｏｖｅｒａｇｅ）指数都在９２％以上，??说明测序深度足够（表１－５）。??八?Ｃ?Ｈｕｉｔｌ?Ｉｔｕｌｃｘ?Ｈ?ＳｌｉｉｌｉＭＨｉｄ?ｉｉｔｔｌｃｘ??Ｊ４ＵＯ?Ｖｓ???＝??９．７?—?＿＿＿?—?？??－－Ｂ?｜?曰？＇?ｒｉＰ?ｐ??９，?＿?二１?＿?—」＝＿?－Ｌ——Ｉ?—?＾＿＿－??“?－?—?鬥?「＿??１?－?．?Ｉ?．???????２４００?－??－??ｕｐ?ｉｉｓ?ｉｎ?＼＼７?ｍｃ．?ｑｋ?ｒ？?＼ｙ?ｖｒ?７＼?ｉｉｐ?ｉｉｓ?ｉｒｒ?ｕ／?ｍ＜，?Ｔｔ、?ｘｚ?ｖｒ?ｚｗ??Ｃ?ＯＴＵ?ｎｕｍｂｅｒ?Ｄ??２３００
ｔｙｐｅｓ；?Ｂ：?Ｔｈｅ?ｓｏｉｌ?ｓａｍｐｌｅｓ?ｅｘｃｅｐｔ?ｆｏｒ?Ｃｏｍｍｏｄｉｔｙ?ｓｏｉｌｓ?ＣＦ?ａｎｄ?ＨＦ）??对相对丰度前１００的ＯＴＵｓ?（占总抽平序列的２９．８％）绘制可视化的热点图??（Ｈｅａｔｍａｐ）（图１－８），显示这些ＯＴＵｓ在不同样品中的数目和丰度变化。基于相对??丰度前１００的ＯＴＵｓ聚类分析结果表明，样本根据其土壤类型显著聚类（图１－８）。??根据ＯＴＵｓ的组成和相对丰度，样本分为两组，其中一组包括ＣＦ和ＨＦ?（商品化营??养土），与其他五种土壤相比，其番前根际细菌中属于Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ中的??Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｄａｌｅｓ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ?和?Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｌｌａｌｅｓ，以及?Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ?中的??Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ?和?Ｓｕｂｇｒｏｕｐｓ?具有较低的?ＯＴＵｓ?丰度；而?Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ?中的??Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｌｅｓ、?Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌａｌｅｓ?和?Ｏｃｅａｎｏｓｐｉｒｉｌｌａｌｅｓ，?Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ?中的??Ａｃｉｄｉｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ，以及?Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ?中的?Ｃｙｔｏｐｈａｇａｌｅｓ?具有较高的?ＯＴＵｓ?丰度（图??１－８）。样本ＤＭ、ＨＱ、ＪＸ、ＱＳ和ＸＣ构成了另一组，进一步划分为两个小组：ＱＳ??（森林土壤）和ＤＭ、ＨＱ、ＪＸ和ＸＣ?（农日丨土壤：包括花园、农业、草坪场和菜田）。??从旗山森林公园收集土壤样本ＱＳ
【参考文献】：
期刊论文
[1]根际微生物研究概况[J]. 麦靖雯,黎瑞君,张巨明. 现代农业科技. 2017(13)
[2]番茄根内生假单胞菌的分离与鉴定[J]. 马荣琴,曹毅,周俊雄,叶朝松,张媞,陈明波,马绍城,田宝玉. 生物技术. 2015(06)
[3]不同质地土壤烟株根际微生物菌群变化分析[J]. 王淑玉,李小龙,李红丽,曾强,王岩,林卿,田甜,孙妍. 湖南农业科学. 2015(03)
[4]植物根际微生物的影响因素研究进展[J]. 徐文静,靳晓东,杨秋生. 河南农业科学. 2014(05)
[5]番茄内生细菌种群动态分析及拮抗菌株的筛选[J]. 王美琴,刘慧平,韩巨才,路涛. 中国农学通报. 2010(09)
[6]植物内生细菌的侵染定殖规律研究进展[J]. 路国兵,张瑶,冀宪领,牟志美,高绘菊,吴绪东. 生物技术通报. 2007(03)
[7]石油污染土壤修复植物的根-土界面微生物特征[J]. 蔺昕,李培军,孙铁珩,李晓军,孙丽娜. 应用生态学报. 2007(03)
[8]广西番茄内生细菌的多样性和数量动态[J]. 黎起秦,谢义灵,林纬,韦继光,罗宽. 生物多样性. 2006(06)
[9]番茄茎内生细菌的分离鉴定及青枯病拮抗菌的筛选[J]. 胡青平,徐建国,刘会龙,陈五岭,朱战烨. 西北植物学报. 2006(10)
[10]根际微生物研究进展[J]. 陆雅海,张福锁. 土壤. 2006(02)
博士论文
[1]豆科植物根际和根瘤内生细菌群落结构、变化规律及其影响因素研究[D]. 肖潇.西北农林科技大学 2017
硕士论文
[1]谷子根际营养及根际微生物的研究[D]. 范博.山西农业大学 2016
本文编号：2930631
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