宏转录组测序揭示褐土脲酶基因的表达丰度和细菌来源

发布时间：2021-01-24 00:33

　　为明确褐土中脲酶编码基因的表达丰度,通过土壤RNA提取和宏转录组测序法,筛选RNA水平上表达较高的脲酶基因,共筛选到122个脲酶结构基因（93个ureC、16个ureB和13个ureA）和脲酶辅助基因115个（29个ureD、12个ureE、36个ureF、29个ureG、5个ureH和4个ureJ）。其中ureB、ureA、ureG、ureH和ureJ所有转录本TPM值都小于2,而ureC、ureD、ureE和ureF丰度最高的转录本TPM值分别为3.17、5.37、2.01和2.71。细菌来源的芽孢杆菌属Bacillus、芽孢八叠球菌属Sporosarcina、节杆菌属Arthrobacter、链霉属Streptomyces和类芽孢杆菌属Paenibacillus等在褐土脲酶活性的发挥中贡献度较大。 

【文章来源】：烟草科技. 2020,53(11)北大核心

【文章页数】：8 页

【部分图文】：

序列匹配的菌株数量分布

土壤RNA转录本的微生物来源

如图4所示，ure C、ure B、ure A、ure D、ure E、ure F、ure G、ure H和ure J等脲酶基因中，编码α亚基的ure C基因数量最多，表达值TPM在0～1之间的有66个，1～2之间的有21个，大于2的有6个，最高的DN897996＿c0＿g1为3.16。编码β亚基的ure B基因有16个，表达值TPM在0～1之间的有12个，1～2之间的有4个。编码γ亚基的ure A基因有13个，表达值TPM在0～1之间的有9个，1～2之间的有4个。另外ure D、ure E和ure F的表达值最高的分别为5.31、2.00和2.71，其中ure D表达值TPM超过2的有3个转录本，分别为DN911511＿c0＿g1(2.03）、DN893873＿c0＿g1(3.31）和DN907166＿c3＿g2(5.31）。ure H和ure J数量较少，表达值也较低。图4 脲酶基因的表达情况

【参考文献】：
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硕士论文
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本文编号：2996217