小菜蛾不同发育时期RNA编辑位点的识别与验证

发布时间：2021-05-10 05:43

　　RNA编辑是重要的转录后调控机制,其通过改变单个核苷酸使得转录的mRNA与模板DNA的编码不一致,实现对mRNA的转录后修饰,从而影响个体的生长发育等。RNA编辑由作用于RNA的腺苷脱氨酶（Adenosine20deaminases20acting20on20RNA,20ADARs）参与催化完成,其中A-to-G是RNA编辑类型中出现概率最高的编辑类型。本文以重要的农业害虫小菜蛾（Plutella20xylostella）为研究对象,开展了RNA编辑位点的分析,研究结果如下：1)对小菜蛾基因组和转录组数据进行了大规模的挖掘与分析,运用Perl脚本,结合二项分布及Fisher等统计方法进行过滤分析,预测出在小菜蛾四个发育时期发生的RNA编辑位点,分别为卵期8,346个、幼虫期5,882个、蛹期7,657个、成虫期8,584个,其中共有14,895个编辑类型为A-to-G的位点,表明RNA编辑是一种在昆虫中普通存在的调控机制。2)对所有的RNA编辑位点进行了差异表达分析,结果表明在四个不同发育时期有差异表达的位点42个。其中9个位点改变了氨基酸的类型,31个RNA编辑位点发生在三联体密码子... 

【文章来源】：南京农业大学江苏省 211工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：48 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文献综述
    1.1 小菜蛾
    1.2 RNA编辑的研究进展
        1.2.1 RNA编辑
        1.2.2 基于第二代测序技术的RNA编辑研究
第二章 小菜蛾RNA编辑位点的识别
    摘要
    2.1 数据与计算方法
        2.1.1 数据库及软件
        2.1.2 基因数据
        2.1.3 序列比对及软件参数设置
    2.2 结果
        2.2.1 小菜蛾RNA-Seq比对结果
        2.2.2 构建潜在的RNA编辑位点集
        2.2.3 对潜在的RNA编辑位点集筛选过滤
            1) 滤除落在3’、5’端位点
            2) 滤除来自同库的重复序列
            3) 滤除编辑效率低及覆盖度过低的位点
            4) 滤除替换类型不确定的编辑位点
            5) 滤除剪接位点周围的RNA编辑位点
            6) 滤除简单重复和旁系同源的位点
            7) 滤除随机错误
    2.3 讨论
第三章 小菜蛾RNA编辑位点的特异表达分析
    摘要
    3.1 数据与分析方法
        3.1.1 RNA编辑特异表达候选集
        3.1.2 Fisher检验
    3.2 结果
        3.2.1 不同发育时期特异性的RNA编辑位点
        3.2.2 不同发育时期特异性RNA编辑位点的基因统计分析
    3.3 讨论
第四章 RNA编辑位点的实验验证
    摘要
    4.1 材料与方法
    4.2 结果与分析
    4.3 讨论
全文总结
参考文献
攻读硕士学位期间论文发表情况
致谢



本文编号：3178795