青藏高原冻土区微生物的研究及菌株D40P T 新种分类鉴定
发布时间：2021-06-10 20:54
青藏高原冻土区作为全球范围内冻土环境的典型代表,在日益严重的温室效应影响下,其面积正在逐年递减。我国虽为世界第三冻土大国,冻土学的研究在国际上处于领先地位,但对于冻土微生物仍知之甚少。这都表明对青藏高原冻土微生物的进一步分析在我国微生物领域是个亟待深入的研究方向。本文中土壤样品均取自于青藏高原冻土区,经过预处理后使用土壤DNA试剂盒提取每个样品中基因组,使用Illumina公司Miseq测序平台对6个细菌样本和6个古菌样本分别进行宏基因组测序。通过物种分类、OTU聚类、Alpha多样性分析和Beta多样性分析等多种方法对微生物群落结构进行分析。得到以下实验结果：青藏高原多年冻土中包含的细菌有变形菌门,Armatimonadete,绿弯菌门,纤维杆菌门,热袍菌门,异常球菌-栖热菌门,绿菌门,拟杆菌门,芽单胞菌门,梭杆菌门,蓝藻门,酸杆菌门,硝化螺旋菌门,疣微菌门,厚壁菌门,放线菌门,和未分类细菌等类群,其中变形菌门和厚壁菌门是优势菌群。青藏高原多年冻土中包含的古菌有广古菌门、泉古菌门,和未分类古菌类群,其中泉古菌门为优势菌群。K25和K26两样品间的群落结构仅因取样深度不同而差异较大；K...
【文章来源】：北京化工大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
-丨样品采集地点Fig2-1Thesamplingsites
2. 2.结果与分析样本序列原始长度分布如图2-2所示，QC之后序列长度大部分分布在400-500之间，平均长度均在440以上（如图2-3)，各样本序列数均在500以上，因此本次测序长度基本覆盖V3V4区全长，满足分析要求。Length distribution of reads；| Ii j1I 1 1 ！300 350 400 4S0length<bp)图2-2序列原始度分布图Fig2-2 Original sequence length distribution去除嵌合体序列和非靴区序列后各样本剩余序列如表2-5和表2-6,数据显示经预处理后剩余序列数目庞大，具有分析价值。16
图2-3 QC后的序列长度分布图Fig2-3 Sequence length distribution after QC表2-S细1?.样品序列预处理结果统计Table2-5 Bacterial sample sequence preprocessing resultsstatistics总序列数 非把区序列数 嵌合体序列数 预处理后序列数26928 0 3942 2298624817 0 3489 21328 35672 0 6168 29504 30250 1 5026 25223 28738 0 7300 21438 21811 1 2359 19451表2-6占菌样品序列预处理结果统计Table2-6 Archaea sample sequence preprocessing resultsstatistics
【参考文献】：
期刊论文
[1]可可西里-唐古拉山冻土区沉积物样品可培养微生物的研究[J]. 杨爱臣,吕杰,鲁建江. 石河子大学学报(自然科学版). 2012(05)
[2]气候变化条件下青藏铁路沿线多年冻土概率预报（Ⅰ）:活动层厚度与地温[J]. 杨成松,程国栋. 冰川冻土. 2011(03)
[3]环境微生物群落结构与功能多样性研究方法[J]. 刘开朗,王加启,卜登攀,李旦,于萍,赵圣国. 生态学报. 2010(04)
[4]西太平洋暖池区深海沉积物细菌群落结构分析[J]. 王鹏,肖湘,王风平. 同济大学学报(自然科学版). 2009(03)
[5]南海南沙海域沉积物中可培养微生物及其多样性分析[J]. 孙风芹,汪保江,李光玉,刘秀片,杜雅萍,赖其良,邵宗泽. 微生物学报. 2008(12)
[6]荧光原位杂交在喀斯特山地土壤硫酸盐还原菌检测中的应用[J]. 张伟,刘丛强,刘涛泽,陆婷,张丽丽. 微生物学通报. 2008(08)
[7]TRFLP技术及其在硝化细菌群落分析中的应用[J]. 罗剑飞,林炜铁,任杰,崔华平. 微生物学通报. 2008(03)
[8]中国大陆科学钻探（CCSD）深部地层微生物研究——两株未培养地下微生物菌株原位含量的分析[J]. 王远亮,夏莹,东秀珠,董海良,杨克迁,董志扬,黄力. 岩石学报. 2006(07)
[9]中国大陆科学钻探（CCSD）地下岩心样品中的细菌群落分析[J]. 王远亮,夏颖,董海良,东秀珠,杨克迁,黄力,董志扬. 岩石学报. 2005(02)
[10]西藏地热活动与开发对地质环境的影响[J]. 胡先才,孙继东,姚中华,荣峰. 山地学报. 2003(S1)
博士论文
[1]青藏高原多年冻土区微生物多样性及其潜在应用的研究[D]. 章高森.兰州大学 2007
本文编号：3223105
【文章来源】：北京化工大学北京市 211工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：74 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
-丨样品采集地点Fig2-1Thesamplingsites
2. 2.结果与分析样本序列原始长度分布如图2-2所示，QC之后序列长度大部分分布在400-500之间，平均长度均在440以上（如图2-3)，各样本序列数均在500以上，因此本次测序长度基本覆盖V3V4区全长，满足分析要求。Length distribution of reads；| Ii j1I 1 1 ！300 350 400 4S0length<bp)图2-2序列原始度分布图Fig2-2 Original sequence length distribution去除嵌合体序列和非靴区序列后各样本剩余序列如表2-5和表2-6,数据显示经预处理后剩余序列数目庞大，具有分析价值。16
图2-3 QC后的序列长度分布图Fig2-3 Sequence length distribution after QC表2-S细1?.样品序列预处理结果统计Table2-5 Bacterial sample sequence preprocessing resultsstatistics总序列数 非把区序列数 嵌合体序列数 预处理后序列数26928 0 3942 2298624817 0 3489 21328 35672 0 6168 29504 30250 1 5026 25223 28738 0 7300 21438 21811 1 2359 19451表2-6占菌样品序列预处理结果统计Table2-6 Archaea sample sequence preprocessing resultsstatistics
【参考文献】：
期刊论文
[1]可可西里-唐古拉山冻土区沉积物样品可培养微生物的研究[J]. 杨爱臣,吕杰,鲁建江. 石河子大学学报(自然科学版). 2012(05)
[2]气候变化条件下青藏铁路沿线多年冻土概率预报（Ⅰ）:活动层厚度与地温[J]. 杨成松,程国栋. 冰川冻土. 2011(03)
[3]环境微生物群落结构与功能多样性研究方法[J]. 刘开朗,王加启,卜登攀,李旦,于萍,赵圣国. 生态学报. 2010(04)
[4]西太平洋暖池区深海沉积物细菌群落结构分析[J]. 王鹏,肖湘,王风平. 同济大学学报(自然科学版). 2009(03)
[5]南海南沙海域沉积物中可培养微生物及其多样性分析[J]. 孙风芹,汪保江,李光玉,刘秀片,杜雅萍,赖其良,邵宗泽. 微生物学报. 2008(12)
[6]荧光原位杂交在喀斯特山地土壤硫酸盐还原菌检测中的应用[J]. 张伟,刘丛强,刘涛泽,陆婷,张丽丽. 微生物学通报. 2008(08)
[7]TRFLP技术及其在硝化细菌群落分析中的应用[J]. 罗剑飞,林炜铁,任杰,崔华平. 微生物学通报. 2008(03)
[8]中国大陆科学钻探（CCSD）深部地层微生物研究——两株未培养地下微生物菌株原位含量的分析[J]. 王远亮,夏莹,东秀珠,董海良,杨克迁,董志扬,黄力. 岩石学报. 2006(07)
[9]中国大陆科学钻探（CCSD）地下岩心样品中的细菌群落分析[J]. 王远亮,夏颖,董海良,东秀珠,杨克迁,黄力,董志扬. 岩石学报. 2005(02)
[10]西藏地热活动与开发对地质环境的影响[J]. 胡先才,孙继东,姚中华,荣峰. 山地学报. 2003(S1)
博士论文
[1]青藏高原多年冻土区微生物多样性及其潜在应用的研究[D]. 章高森.兰州大学 2007
本文编号：3223105
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