水稻内生真菌稻镰状瓶霉的比较基因组和比较转录组研究

发布时间：2021-09-07 15:34

　　根据与植物互作方式的不同,真菌可以分为内生真菌、病原真菌和腐生真菌等。其中内生真菌是一类至少生活史的一部分能侵染定殖在健康植物组织中,且不会引起寄主产生明显病症的一类真菌。很多研究表明内生真菌和病原真菌具有很近的亲缘关系,但目前对于内生真菌和病原真菌之间的进化关系并没有一个明确的结论。因此,了解内生真菌和病原真菌的进化关系,对于进一步认识真菌的生活方式以及真菌与植物的互作具有重要意义。此外,内生真菌能够促进植物营养生长、提高寄主植物抗生物和非生物胁迫的能力,其农业应用潜力逐渐被人们认识。阐明内生真菌的起源与演化方式,将会为内生真菌生产应用的安全性提供理论支持。从野生稻根部分离的暗色有隔内生真菌稻镰状瓶霉（Harpophora oryzae）属巨座壳科（Magnaporthaceae）。同科的近缘物种多数是病原真菌,如引起麦类全蚀病的小麦全蚀病菌（Gaeumannomyces graminis）、引起草地早熟禾夏季斑枯病的夏季斑枯病菌（Magnaporthiopsis poae）以及引起水稻稻瘟病的稻瘟病菌（Magnaporthe oryzae）等。与上述病原真菌不同,稻镰状瓶霉侵染定殖... 

【文章来源】：浙江大学浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校

【文章页数】：161 页

【学位级别】：博士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第一章 文献综述
    1.1 内生真菌
        1.1.1 内生真菌的界定
        1.1.2 内生真菌与致病真菌的起源与演化
    1.2 真菌与植物内生或共生关系的建立过程
        1.2.1 植物与有益真菌的相互识别
        1.2.2 有益真菌对植物免疫反应的调节
        1.2.3 植物的局部和整体防御反应控制内生或共生关系的发展程度
    1.3 真菌全基因组测序
        1.3.1 真菌全基因组测序研究概况
        1.3.2 共生真菌基因组研究
        1.3.3 基因组测序技术
        1.3.4 高通量测序数据分析概述
    1.4 暗色有隔内生真菌与稻镰状瓶霉
        1.4.1 暗色有隔内生真菌概况
        1.4.2 镰状瓶霉属真菌研究进展
    1.5 本研究的目的和意义
第二章 稻镰状瓶霉侵染行为和祖先性状分析
    2.1 材料与方法
        2.1.1 实验菌株
        2.1.2 供试植物
        2.1.3 培养基
        2.1.4 试验方法
    2.2 结果与分析
        2.2.1 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌的侵染行为
        2.2.2 祖先性状重建分析
    2.3 本章讨论
第三章 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌比较基因组分析
    3.1 材料与方法
        3.1.1 实验菌株
        3.1.2 供试植物
        3.1.3 培养基
        3.1.4 试验方法
    3.2 结果与分析
        3.2.1 稻镰状瓶霉基因组大小的测定
        3.2.2 稻镰状瓶霉基因组测序、拼接及主要特征
        3.2.3 转座因子
        3.2.4 比较基因组分析
        3.2.5 共线性和系统发育分析
    3.3 本章讨论
第四章 稻镰状瓶霉与稻瘟病菌比较转录组分析
    4.1 材料与方法
        4.1.1 实验菌株
        4.1.2 供试植物
        4.1.3 培养基
        4.1.4 试验方法
    4.2 结果与分析
        4.2.1 总RNA提取及测序文库构建
        4.2.2 测序数据统计
        4.2.3 差异表达基因
        4.2.4 稻镰状瓶霉和稻瘟病菌转录组比较
        4.2.5 转录组数据的验证
    4.3 本章讨论
第五章 基因家族分析
    5.1 材料与方法
        5.1.1 实验菌株
        5.1.2 供试植物
        5.1.3 培养基
        5.1.4 仪器和试剂
        5.1.5 试验方法
    5.2 结果与分析
        5.2.1 致病相关基因
        5.2.2 G蛋白和G蛋白偶联受体
        5.2.3 碳水化合物活性酶
        5.2.4 分泌蛋白
        5.2.5 次生代谢相关基因
        5.2.6 膜转运蛋白
        5.2.7 转录因子
        5.2.8 基因水平转移
    5.3 本章讨论
第六章 讨论
    6.1 稻镰状瓶霉演化模型的提出
    6.2 稻镰状瓶霉与近缘物种基因及其表达的保守性
    6.3 稻镰状瓶霉与近缘物种基因及其表达的差异
    6.4 影响稻镰状瓶霉基因组进化的因素
    6.5 稻镰状瓶霉应用安全性评估
    6.6 一种真菌演化模式的提出
第七章 总结与展望
    7.1 总结
    7.2 展望
参考文献
附录
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于流式细胞分析技术的茯苓基因组大小测定[J]. 王亚之,李秋实,陈士林,孙超,宋经元.  世界科学技术(中医药现代化). 2010(03)
[2]追溯山茱萸科植物的性状进化和生物地理学历史——方法选择的影响?（英文）[J]. 向秋云,David T. THOMAS.  植物分类学报. 2008(03)



本文编号：3389799