GATA转录因子在核盘菌生长发育和致病过程的功能研究
发布时间：2022-01-01 00:44
核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）能够侵染世界范围内的600多种植物,是一种寄主范围极其广泛的死体营养型植物致病真菌。多种油料经济作物能够被其侵染,在农业生产上造成巨大的经济损失。核盘菌是一种白色丝状真菌,有自己完整的生活史,菌丝能够形成质地坚硬的黑色菌核结构,该结构可以适应极端环境并且长期存活。一旦条件允许,菌核就会萌发生成有性结构子囊盘,成熟的子囊盘释放大量的子囊孢子,子囊孢子可以萌发后再次形成菌丝,菌核上也能生长出白色菌丝。无论是菌丝还是子囊孢子都能够侵染寄主,引发大范围的农作物致病,因此核盘菌的防治十分困难。为了更深入的了解核盘菌不同形态发育过程中的基因表达情况,更进一步完善核盘菌基因组数据库的信息,我们进行了菌丝,菌核与子囊盘三个发育阶段的比较转录组分析。获取新基因并进行注释,对核盘菌基因的可变剪接与SNP位点进行合理的预测分析。结合表达量的变化情况,通过GO,KEGG及COG的注释及分类,对相关基因进行功能模块的预测。对于转录组测序获得的数据,选取其中较大的一类锌指蛋白转录因子家族基因进行深入分析,对其在核盘菌中不同形态发育过程中的表达情况进行统计,...
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：131 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
核盘菌生活史示意图(JeffreyA.Rollins)
图 2.1 菌核和子囊盘的发育过程he Development of Sclerotium and Apothecia（from Jeffrey A.RolA-Seq 数据质控合成边测序（Sequencing By Synthesis，SBS）技术，Illumina Hi平台对 cDNA 文库进行测序，产出大量的高质量 Reads 为原ta）经过去除测序接头以及引物序列；过滤低质量值数据。经过之后得到的高质量 Reads 或碱基，获得 Clean Data。使用序列2 将转录组测序 Reads 比对到基因组上，然后通过分析比对结果剪接点（Splicing Junction）。将比对到指定的参考基因组上的ed Reads，对应的数据为 Mapped Data。
吉林大学博士学位论文部分是功能未知基因，Swissprot_annotation 数据库注释获亲和、转座子、脂肪酶、乙酰辅酶 A、功能未知的丝氨。菌核中特异性表达的基因有 129 条，蛋白数据库中只为 U3 小核仁 RNA 相关蛋白，MAPK 信号通路的调节关的疏水蛋白Cryparin 前体和细胞壁完整性及抗性响应
【参考文献】：
期刊论文
[1]结合于GATA元件的Ⅳ型锌指蛋白[J]. 陈晓红,印莉萍. 生命的化学. 1999(04)
博士论文
[1]基于RNA-seq的丛枝菌根真菌Gigaspora rosea基因构成及其共生发育相关基因的分析[D]. 唐年武.华中农业大学 2016
[2]禾谷镰刀菌AREA基因的功能研究[D]. 侯瑞.西北农林科技大学 2015
[3]转录因子Ss-Nsd1和Ss-Fox1调控核盘菌有性及无性发育的功能研究[D]. 穆文辉.吉林大学 2013
硕士论文
[1]芸薹生链格孢转录因子基因Ab06986的克隆与功能研究[D]. 张敏.山东农业大学 2018
[2]禾谷镰刀菌Fgwc1、Fgwc2和Fgvvd基因的功能分析[D]. 宋阳阳.华中农业大学 2017
[3]核盘菌菌核的菌丝型萌发与侵染特性研究[D]. 母红岩.华中农业大学 2017
[4]核盘菌bZIP转录因子Ss-Adal的功能研究[D]. 陈景源.吉林大学 2014
[5]草酸在核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）与寄主植物互作中的生物学作用[D]. 李双胜.浙江大学 2013
本文编号：3561310
【文章来源】：吉林大学吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直属院校
【文章页数】：131 页
【学位级别】：博士
【部分图文】：
核盘菌生活史示意图(JeffreyA.Rollins)
图 2.1 菌核和子囊盘的发育过程he Development of Sclerotium and Apothecia（from Jeffrey A.RolA-Seq 数据质控合成边测序（Sequencing By Synthesis，SBS）技术，Illumina Hi平台对 cDNA 文库进行测序，产出大量的高质量 Reads 为原ta）经过去除测序接头以及引物序列；过滤低质量值数据。经过之后得到的高质量 Reads 或碱基，获得 Clean Data。使用序列2 将转录组测序 Reads 比对到基因组上，然后通过分析比对结果剪接点（Splicing Junction）。将比对到指定的参考基因组上的ed Reads，对应的数据为 Mapped Data。
吉林大学博士学位论文部分是功能未知基因，Swissprot_annotation 数据库注释获亲和、转座子、脂肪酶、乙酰辅酶 A、功能未知的丝氨。菌核中特异性表达的基因有 129 条，蛋白数据库中只为 U3 小核仁 RNA 相关蛋白，MAPK 信号通路的调节关的疏水蛋白Cryparin 前体和细胞壁完整性及抗性响应
【参考文献】：
期刊论文
[1]结合于GATA元件的Ⅳ型锌指蛋白[J]. 陈晓红,印莉萍. 生命的化学. 1999(04)
博士论文
[1]基于RNA-seq的丛枝菌根真菌Gigaspora rosea基因构成及其共生发育相关基因的分析[D]. 唐年武.华中农业大学 2016
[2]禾谷镰刀菌AREA基因的功能研究[D]. 侯瑞.西北农林科技大学 2015
[3]转录因子Ss-Nsd1和Ss-Fox1调控核盘菌有性及无性发育的功能研究[D]. 穆文辉.吉林大学 2013
硕士论文
[1]芸薹生链格孢转录因子基因Ab06986的克隆与功能研究[D]. 张敏.山东农业大学 2018
[2]禾谷镰刀菌Fgwc1、Fgwc2和Fgvvd基因的功能分析[D]. 宋阳阳.华中农业大学 2017
[3]核盘菌菌核的菌丝型萌发与侵染特性研究[D]. 母红岩.华中农业大学 2017
[4]核盘菌bZIP转录因子Ss-Adal的功能研究[D]. 陈景源.吉林大学 2014
[5]草酸在核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）与寄主植物互作中的生物学作用[D]. 李双胜.浙江大学 2013
本文编号：3561310
本文链接：https://www.wllwen.com/kejilunwen/nykj/3561310.html
