南极恩克斯堡岛土壤中可培养细菌多样性
发布时间：2022-01-07 08:42
【背景】南极地区环境苛刻植被稀少,无冰区面积约占其总面积的0.4%,但是土壤中存在着丰富的微生物群落,对于极地微生物资源仍需要进一步挖掘。【目的】获得南极恩克斯堡岛土壤中可培养细菌多样性信息。【方法】对来源于南极恩克斯堡岛的5个土壤样品采用直接涂布、微好氧富集和有氧富集后涂布3种方法进行细菌分离培养。【结果】共获得144株可培养细菌,分布于5门30个属。这些菌株来自变形菌门（Proteobacteria,38.9%）、放线菌门（Actinobacteria,34.0%）、厚壁菌门（Firmicutes,22.2%）、异常球菌-栖热菌门（Deinococcus-Thermus,3.5%）、拟杆菌门（Bacteroidetes,1.4%）等。不同土壤样品中可培养细菌多样性存在差异。企鹅粪土中Bacillus是主要属类;Pseudomonas、Streptomyces在植被覆盖区土壤中是优势菌属;Psychrobacter在湖水边土壤中是优势属类,Flavobacterium、Chryseobacterium仅从该样品中分离得到;放线菌门类在干燥土壤样中占优势,Pseudarthrobact...
【文章来源】：微生物学通报. 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
3种培养方法在R2A培养基上得到细菌在属水平数目韦恩图
5份土壤样品中共分离得到144株可培养细菌，对分离菌株16S rRNA基因进行PCR扩增、测序和序列比对，发现这些菌株来自5个门，分布在30个属52个种(表2)。如图1显示，最多的是变形菌门56株，达到总分离株的38.9%；其次是放线菌门49株，占比34.0%；厚壁菌门32株，占总数的22.2%；异常球菌-栖热菌门5株，占总数的3.5%；拟杆菌门最少，仅有2株，占总数的1.4%。将16S rRNA基因测序结果在EzTaxon数据库中比对获得参考序列，应用MEGA 6.0软件绘制系统发育树，得到进化树如图2所示。从系统发育分析的结果可以看出，放线菌门中最多的是链霉菌属(Streptomyces)14株，其次是节杆菌属(Arthrobacter)7株，最少的类谷氨酸杆菌属(Paeniglutamicibacter)、库克菌属(Kocuria)和韩国生工属(Kribbella)各1株。变形菌门中分别有α、β和γ三个亚门，α变形菌亚门最多的是Aureimonas，有7株；β变形菌类只有贪噬菌属(Variovorax)；γ变形菌亚门中最多的是嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(22株)，其次是假单胞菌属(Pseudomonas)(15株)。对144株菌株测序时发现，有2株菌(1株属于变形菌门，1株属于放线菌门)的16S rRNA基因序列相似度均小于97%，可以认为是潜在新种[21]。这两株潜在新种的菌株鉴定工作正在进行中。2.2 不同培养方法在同种平板获得可培养细菌的多样性
为了使可培养细菌的多样性增加，本实验用了3种方法，分别是直接涂布培养、微好氧富集和有氧富集在不同时间段涂布培养。3种方式在R2A平板上分离到的可培养细菌的种类有区别。直接涂布法分离得到11个属，独有7个属；有氧富集分离得到9个属，独有5个属；微好氧富集独有2个属，分别是Paeniglutamicibacter和Acinetobacter。上述结果说明在R2A平板上，有氧富集和无氧富集均获得特有属，有氧富集涂布与直接涂布法共有的属4个，包括Staphylococcus、Rhodococcus、Pseudarthrobacte和Arthrobacter，微好氧富集获得可培养细菌种类少(图3)。图3 3种培养方法在R2A培养基上得到细菌在属水平数目韦恩图
【参考文献】：
期刊论文
[1]北极苔原土壤中可培养细菌的分离及其抗菌活性测定[J]. 贺瑞含,杜宗军,俞勇,李会荣. 微生物学报. 2019(06)
[2]南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性及理化性质鉴定[J]. 刘春影,丛柏林,王能飞,王波,尹晓斐,刘峰. 海洋学报. 2016(06)
[3]从环境中分离培养微生物:培养基营养水平至关重要[J]. 周楠,姜成英,刘双江. 微生物学通报. 2016(05)
[4]南极北维多利亚地难言岛侵入岩LA-ICP-MS锆石U-Pb年龄及其地质意义[J]. 王伟,胡健民,陈虹,于根旺,赵越,刘晓春. 地质通报. 2014(12)
[5]南海南沙海域沉积物中可培养微生物及其多样性分析[J]. 孙风芹,汪保江,李光玉,刘秀片,杜雅萍,赖其良,邵宗泽. 微生物学报. 2008(12)
本文编号：3574220
【文章来源】：微生物学通报. 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章页数】：12 页
【部分图文】：
3种培养方法在R2A培养基上得到细菌在属水平数目韦恩图
5份土壤样品中共分离得到144株可培养细菌，对分离菌株16S rRNA基因进行PCR扩增、测序和序列比对，发现这些菌株来自5个门，分布在30个属52个种(表2)。如图1显示，最多的是变形菌门56株，达到总分离株的38.9%；其次是放线菌门49株，占比34.0%；厚壁菌门32株，占总数的22.2%；异常球菌-栖热菌门5株，占总数的3.5%；拟杆菌门最少，仅有2株，占总数的1.4%。将16S rRNA基因测序结果在EzTaxon数据库中比对获得参考序列，应用MEGA 6.0软件绘制系统发育树，得到进化树如图2所示。从系统发育分析的结果可以看出，放线菌门中最多的是链霉菌属(Streptomyces)14株，其次是节杆菌属(Arthrobacter)7株，最少的类谷氨酸杆菌属(Paeniglutamicibacter)、库克菌属(Kocuria)和韩国生工属(Kribbella)各1株。变形菌门中分别有α、β和γ三个亚门，α变形菌亚门最多的是Aureimonas，有7株；β变形菌类只有贪噬菌属(Variovorax)；γ变形菌亚门中最多的是嗜冷杆菌属(Psychrobacter)(22株)，其次是假单胞菌属(Pseudomonas)(15株)。对144株菌株测序时发现，有2株菌(1株属于变形菌门，1株属于放线菌门)的16S rRNA基因序列相似度均小于97%，可以认为是潜在新种[21]。这两株潜在新种的菌株鉴定工作正在进行中。2.2 不同培养方法在同种平板获得可培养细菌的多样性
为了使可培养细菌的多样性增加，本实验用了3种方法，分别是直接涂布培养、微好氧富集和有氧富集在不同时间段涂布培养。3种方式在R2A平板上分离到的可培养细菌的种类有区别。直接涂布法分离得到11个属，独有7个属；有氧富集分离得到9个属，独有5个属；微好氧富集独有2个属，分别是Paeniglutamicibacter和Acinetobacter。上述结果说明在R2A平板上，有氧富集和无氧富集均获得特有属，有氧富集涂布与直接涂布法共有的属4个，包括Staphylococcus、Rhodococcus、Pseudarthrobacte和Arthrobacter，微好氧富集获得可培养细菌种类少(图3)。图3 3种培养方法在R2A培养基上得到细菌在属水平数目韦恩图
【参考文献】：
期刊论文
[1]北极苔原土壤中可培养细菌的分离及其抗菌活性测定[J]. 贺瑞含,杜宗军,俞勇,李会荣. 微生物学报. 2019(06)
[2]南极菲尔德斯半岛可培养土壤微生物多样性及理化性质鉴定[J]. 刘春影,丛柏林,王能飞,王波,尹晓斐,刘峰. 海洋学报. 2016(06)
[3]从环境中分离培养微生物:培养基营养水平至关重要[J]. 周楠,姜成英,刘双江. 微生物学通报. 2016(05)
[4]南极北维多利亚地难言岛侵入岩LA-ICP-MS锆石U-Pb年龄及其地质意义[J]. 王伟,胡健民,陈虹,于根旺,赵越,刘晓春. 地质通报. 2014(12)
[5]南海南沙海域沉积物中可培养微生物及其多样性分析[J]. 孙风芹,汪保江,李光玉,刘秀片,杜雅萍,赖其良,邵宗泽. 微生物学报. 2008(12)
本文编号：3574220
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