东方蝼蛄（Gryllotalpa Orientialis）线粒体基因组及转录组研究

发布时间：2023-04-20 00:05

　　蝼蛄是对农作物及园林危害极为严重的地下害虫之一,隶属于直翅目(Orthoptera)螽亚目(Ensifera)蝼蛄科(Gryllotalpidae)蝼蛄属(Gryllotalpa),世界范围内己报道64种,我国已报道10种。目前关于蝼蛄的研究主要集中在生物学特征、分类学、形态解剖、害虫防治及线粒体基因组等方面。关于蝼蛄转录组及转录组与线粒体基因组相结合的线粒体基因组转录作图研究尚未见报道。 本研究以采自河南北部地区的东方蝼蛄(Gryllotalpa orientalis)为研究对象,通过L-PCR结合Sub-PCR扩增出线粒体DNA,采用双脱氧链终止法进行全线粒体基因组序列测定,结合Kim所报道的韩国地区的东方蝼蛄进行比较分析；采用Illumina/HiseqTM2000测序平台的双末端测序策略进行转录组序列测定与分析,结合黄脸油葫芦及黑胫钩额螽的转录组测序结果,对不同物种之间及同一物种不同性别之间的Unigene做两两比较,分别筛选出差异表达基因,并进行初步的比较分析；最后在线粒体基因组序列测定与转录组序列测定的基础上对线粒体转录组进行覆盖作图。获得的主要结果如下： 拼接完整的东方蝼...

【文章页数】：91 页

【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
目录
缩写含义和中文对照表
第1章 前言
    1.1 直翅目昆虫线粒体基因组结构及研究现状
    1.2 转录组学概述
    1.3 转录组学研究的基本方法
        1.3.1 EST技术
        1.3.2 基因芯片技术
        1.3.3 基因表达序列分析技术
        1.3.4 大规模平行测序技术
        1.3.5 高通量测序技术
        1.3.6 转录组测序技术
    1.4 线粒体转录组作图分析
    1.5 东方蝼蛄研究进展
        1.5.1 蝼蛄研究现状
        1.5.2 本项目的研究内容与意义
第2章 实验材料与方法
    2.1 标本采集与鉴定
    2.2 实验仪器与试剂
        2.2.1 实验仪器设备
        2.2.2 主要试剂及溶液
    2.3 实验方法
        2.3.1 全mtDNA序列测定及分析
        2.3.2 转录组研究
        2.3.3 线粒体转录组作图研究
第3章 东方蝼蛄全线粒体基因组分析
    3.1 总DNA提取及序列扩增
        3.1.1 总DNA样品检测
        3.1.2 L-PCR扩增及纯化结果
        3.1.3 Sub-PCR扩增及纯化结果
    3.2 序列拼接
    3.3 全线粒体基因组分析
        3.3.1 基因组结构及排序
        3.3.2 碱基组成情况及三蝼蛄间碱基组成比较
        3.3.3 蛋白质编码基因的密码子使用情况及氨基酸组成
        3.3.4 tRNA和rRNA
        3.3.5 A+T富集区
    3.4 三种蝼蛄线粒体基因组之间的遗传距离
    3.5 小结与讨论
第4章 东方蝼蛄转录组结果与分析
    4.1 总RNA样品检测
        4.1.1 琼脂糖凝胶电泳检测
        4.1.2 紫外分光光度仪检测
        4.1.3 Agilent 2100 Bioanalyzer检测结果
    4.2 测序原始数据统计
    4.3 测序数据组装
    4.4 All-Unigene蛋白编码框预测
    4.5 All-Unigene的功能注释
        4.5.1 All-Unigene GO功能分类
        4.5.2 All-Unigene COG功能分类
        4.5.3 All-Unigene的Nr注释
        4.5.4 All-Unigene通路分析
    4.6 All-Unigene SSR位点分析
    4.7 All-Unigene SNP分析
    4.8 小结与讨论
第5章 差异表达基因分析
    5.1 差异基因的筛选与初步分析
    5.2 差异Unigene的GO和Pathway分析
        5.2.1 差异Unigene的GO功能注释和富集分析
        5.2.2 差异Unigene的Pathway功能富集分析
    5.3 小结与讨论
第6章 东方蝼蛄线粒体基因组转录作图分析
结论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间的研究成果



本文编号：3794481