红树林土壤环境DNA提取和纯化方法比较

发布时间：2023-06-01 04:32

　　探讨适合红树林土壤环境DNA的提取及纯化方法,筛选出可以提取到高质量且物种覆盖度广的环境DNA的方法。本研究通过多种方法提取和纯化红树林土壤环境DNA,并进行物种覆盖度(细菌、真菌、底栖无脊椎动物、植物、线虫)的比较评估。用6种方法提取红树林潮间带林下土壤环境DNA,并使用2种方法对DNA进行纯化;用不同物种类群的通用引物进行PCR扩增,评估各种方法提取和纯化的环境DNA的物种覆盖度。结果显示,不同方法提取DNA的效率有一定的差异,但2种方法纯化前后DNA的质量并没有显著差异;5种试剂盒方法提取的DNA均可以有效扩增出细菌和无脊椎动物的DNA;DNeasy PowerSoil试剂盒提取的DNA扩增植物引物结果最佳;来自不同区域红树林土壤的DNA在扩增真菌对应引物时差异较大;2种试剂盒直接提取的DNA可以有效扩增出线虫的DNA。本研究为今后基于环境DNA技术研究红树林生物多样性工作的顺利开展提供科学依据,奠定了一定的基础。

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【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 样品采集
    1.2 土壤粒径测定
    1.3 土壤环境DNA提取
        1.3.1 SDS-GITC-PEG法提取
        1.3.2 试剂盒法提取
    1.4 DNA纯化
    1.5 PCR扩增
    1.6 数据分析
2 结果与分析
    2.1 土壤粒径分析
    2.2 土壤环境DNA提取和纯化
    2.3 PCR扩增结果
3 讨论
4 结论



本文编号：3826628