线虫生防菌厚垣普可尼亚菌的基因组学研究

发布时间：2023-08-07 17:34

　　植物寄生线虫对全世界农业生产的危害很严重,厚垣普可尼亚菌是目前公认的线虫生防菌之一,研究该菌跟其他盘菌亚门真菌的分化情况、与生存环境和寄主之间的协同关系、及其致病基因和致病机理有非常重要的意义。在生命科学的研究中,遗传学、生物化学、比较基因组学和生物信息学提供了很多方法和工具,而开展厚垣普可尼亚菌基因组学的研究可以充分利用这些工具,促进与厚垣普可尼亚菌相关的研究的发展。首先,通过测序和组装获取到厚垣普可尼亚菌的第一个完整的线粒体基因组。其大小为25615bp,编码40个基因(15个开放阅读框(ORFs):cox1-3、cob、atp6、atp8-9、nad1-6、nad4L、rps3；2个rRNA基因：rnl、ms; 23个tRNA基因)。基于14个ORF的序列用最大似然法构建的系统发育树表明厚垣普可尼亚菌与金龟子绿僵菌的亲缘关系最近(bootstrap值100%支持),它与昆虫寄生菌、植物病原菌有共同的祖先。在线粒体基因组DNA水平上,厚垣普可尼亚菌87.20%的序列与金龟子绿僵菌90.05%的序列相似,一共有10个区域相匹配；而其他真菌只匹配到厚垣普可尼亚菌的小于或等于61.07%...

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【学位级别】：硕士

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摘要
Abstract
英文缩略表
第一章 引言
    1.1 立题背景
    1.2 国内外研究进展
        1.2.1 生防效果的研究
        1.2.2 致病机制的研究
        1.2.3 次生代谢产物基因簇的研究
        1.2.4 基因组的研究
        1.2.5 线粒体基因的研究
    1.3 本论文的目的和意义
第二章 厚垣普可尼亚菌线粒体基因组的研究
    2.1 前言
    2.2 方法和材料
        2.2.1 样品材料和DNA样品提取
        2.2.2 基因组测序和组装
        2.2.3 基因预测及功能注释
        2.2.4 比较基因组学分析
        2.2.5 系统发育树分析
    2.3 结果和分析
        2.3.1 完整的线粒体基因组图谱
        2.3.2 厚垣普可尼亚菌的系统发育树分析
        2.3.3 厚垣普可尼亚菌与其他麦角菌科真菌线粒体基因组的比较分析
        2.3.4 rps基因的分子进化
    2.4 讨论
    2.5 结论
第三章 厚垣普可尼亚菌核基因组的研究
    3.1 前言
    3.2 方法和材料
        3.2.1 基因组序列及转座子分析
        3.2.2 基因集(gene set)预测
        3.2.3 基因的功能注释
        3.2.4 分泌蛋白的预测
        3.2.5 比较基因组分析和系统发育树分析
    3.3 结果和分析
        3.3.1 厚垣普可尼亚菌菌株170基因组的一般特征
        3.3.2 系统发育树分析
        3.3.3 KOG功能分类比较分析
        3.3.4 分泌蛋白的分析
        3.3.5 次生代谢产物基因簇的分析
        3.3.6 P450酶和ABC转运蛋白的分析
        3.3.7 蛋白酶的分析
        3.3.8 糖苷水解酶和碳水化合物酯酶的分析
        3.3.9 PHI基因的比较分析
    3.4 讨论
    3.5 结论
第四章 全文结论
参考文献
附录
致谢
作者简历



本文编号：3840053