微卫星序列在生物体基因组中的组成与比较分析
发布时间：2025-03-18 01:02
微卫星序列最初是由于能引发多种人类神经性疾病而“享誉盛名”,后来被作为分子标记广泛应用于生物学领域。然而,无论是实验生物学,还是计算生物学,对微卫星序列的相关研究主要是针对基因组较大的生物,如真核生物和原核生物。病毒是一类微小的生命体,在自然环境中无法存活,靠寄生在活细胞内延续生命。目前,病毒中微卫星序列的相关报道相当有限。本论文利用现有的基因组和核酸序列公共数据库资源,借助数学的、统计学的和计算机的手段,对真核生物、原核生物和病毒基因组序列中的微卫星序列,尤其是病毒基因组中的微卫星序列进行比较分析,并探讨微卫星序列在病原体和宿主的感染与防御机制中可能发挥的作用。 本论文内容主要涉及以下方面： 1.从病毒到人类所有进化等级上的生物体序列中微卫星序列的比较分析(第2章) 本研究工作的材料是包括多种模式生物在内的32种生物,涵盖动物、植物、真菌、原生生物、真细菌、古细菌和病毒,分析了其中微卫星序列的分布情况,并探讨了微卫星序列在基因组组成和扩增中可能发挥的作用。研究发现,无论是处于进化最低层的病毒,还是处于进化最高层的智人,其序列中微卫星的含量基本都达到了60%,更有甚者,间日疟...
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第1章 绪论
1.1 生物体基因组的结构特征
1.1.1 原核生物基因的结构特征
1.1.2 真核生物基因的结构特征
1.1.3 病毒基因的结构特征
1.2 主要的生物信息数据库
1.2.1 基因组序列数据库
1.2.2 核酸序列数据库
1.3 微卫星序列概述
1.3.1 微卫星序列的发现
1.3.2 微卫星序列的分布
1.3.3 微卫星序列的功能
1.3.4 微卫星序列的应用
1.3.5 微卫星序列的识别和抽提工具
1.4 微卫星DNA扩增的分子机制
1.4.1 微卫星DNA的特殊结构
1.4.2 微卫星DNA扩增的复制模型
1.4.3 微卫星DNA扩增的修复模型
1.4.4 微卫星DNA扩增的重组模型
1.5 微卫星序列的扩增与人类疾病
1.5.1 编码区外显子微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.2 5'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.3 3'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.4 编码区内含子微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.5 启动子区微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.6 本论文的研究工作
第2章 微卫星序列与基因组扩增
2.1 引言
2.2 数据集
2.3 方法理论
2.3.1 微卫星序列的抽提
2.3.2 统计学分析
2.4 结果与讨论
2.4.1 基因组中有形成短串联重复序列的倾向
2.4.2 短串联重复碱基和基因组扩增
2.4.3 重复序列的“压力边界”
2.5 本章小结
第3章 微卫星序列与病毒基因组的协同进化分析
3.1 引言
3.2 数据集
3.3 微卫星序列的提取
3.4 结果
3.4.1 微卫星序列和基因组大小之间的相关性
3.4.2 重复单元和基因组大小之间的相关性
3.5 讨论
3.6 本章小结
第4章 主成分分析用于分析病毒基因组中微卫星序列的差异
4.1 引言
4.2 数据集
4.3 方法理论
4.3.1 微卫星序列的抽提
4.3.2 相对丰度和相对密度
4.3.3 主成分分析
4.4 结果与讨论
4.4.1 主成分分析用于微卫星序列研究
4.4.2 微卫星序列的碱基组成偏好性分析
4.4.3 微卫星序列的相对丰度和相对密度表征
4.5 本章小结
第5章 比较基因组法分析甲型流感病毒(Influenza A virus)中的微卫星片段
5.1 引言
5.2 数据集
5.3 方法理论
5.3.1 微卫星序列的抽提
5.3.2 随机序列模型的选择
5.3.3 统计学分析
5.4 结果与讨论
5.4.1 微卫星序列分布的广泛性
5.4.2 自然序列和随机模型产生的序列中串联重复片段的极显著性差异
5.4.3 微卫星序列与基因组变异
5.5 本章小结
第6章 微卫星序列在马铃薯病毒属(Potyvirus)物种中的组成分析
6.1 引言
6.2 数据集
6.3 方法理论
6.3.1 微卫星序列的抽提
6.3.2 微卫星序列的分析表征
6.4 结果与讨论
6.4.1 微卫星序列的相对密度表征
6.4.2 微卫星序列的相对丰度表征
6.4.3 微卫星序列的碱基组成分析
6.4.4 微卫星序列的进化意义和马铃薯病毒属病毒的遗传多样性
6.5 本章小结
结论
参考文献
附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录
致谢
本文编号：4035750
【文章页数】：132 页
【学位级别】：博士
【文章目录】：
摘要
Abstract
目录
第1章 绪论
1.1 生物体基因组的结构特征
1.1.1 原核生物基因的结构特征
1.1.2 真核生物基因的结构特征
1.1.3 病毒基因的结构特征
1.2 主要的生物信息数据库
1.2.1 基因组序列数据库
1.2.2 核酸序列数据库
1.3 微卫星序列概述
1.3.1 微卫星序列的发现
1.3.2 微卫星序列的分布
1.3.3 微卫星序列的功能
1.3.4 微卫星序列的应用
1.3.5 微卫星序列的识别和抽提工具
1.4 微卫星DNA扩增的分子机制
1.4.1 微卫星DNA的特殊结构
1.4.2 微卫星DNA扩增的复制模型
1.4.3 微卫星DNA扩增的修复模型
1.4.4 微卫星DNA扩增的重组模型
1.5 微卫星序列的扩增与人类疾病
1.5.1 编码区外显子微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.2 5'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.3 3'-UTRs微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.4 编码区内含子微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.5.5 启动子区微卫星序列扩增引发的人类疾病
1.6 本论文的研究工作
第2章 微卫星序列与基因组扩增
2.1 引言
2.2 数据集
2.3 方法理论
2.3.1 微卫星序列的抽提
2.3.2 统计学分析
2.4 结果与讨论
2.4.1 基因组中有形成短串联重复序列的倾向
2.4.2 短串联重复碱基和基因组扩增
2.4.3 重复序列的“压力边界”
2.5 本章小结
第3章 微卫星序列与病毒基因组的协同进化分析
3.1 引言
3.2 数据集
3.3 微卫星序列的提取
3.4 结果
3.4.1 微卫星序列和基因组大小之间的相关性
3.4.2 重复单元和基因组大小之间的相关性
3.5 讨论
3.6 本章小结
第4章 主成分分析用于分析病毒基因组中微卫星序列的差异
4.1 引言
4.2 数据集
4.3 方法理论
4.3.1 微卫星序列的抽提
4.3.2 相对丰度和相对密度
4.3.3 主成分分析
4.4 结果与讨论
4.4.1 主成分分析用于微卫星序列研究
4.4.2 微卫星序列的碱基组成偏好性分析
4.4.3 微卫星序列的相对丰度和相对密度表征
4.5 本章小结
第5章 比较基因组法分析甲型流感病毒(Influenza A virus)中的微卫星片段
5.1 引言
5.2 数据集
5.3 方法理论
5.3.1 微卫星序列的抽提
5.3.2 随机序列模型的选择
5.3.3 统计学分析
5.4 结果与讨论
5.4.1 微卫星序列分布的广泛性
5.4.2 自然序列和随机模型产生的序列中串联重复片段的极显著性差异
5.4.3 微卫星序列与基因组变异
5.5 本章小结
第6章 微卫星序列在马铃薯病毒属(Potyvirus)物种中的组成分析
6.1 引言
6.2 数据集
6.3 方法理论
6.3.1 微卫星序列的抽提
6.3.2 微卫星序列的分析表征
6.4 结果与讨论
6.4.1 微卫星序列的相对密度表征
6.4.2 微卫星序列的相对丰度表征
6.4.3 微卫星序列的碱基组成分析
6.4.4 微卫星序列的进化意义和马铃薯病毒属病毒的遗传多样性
6.5 本章小结
结论
参考文献
附录A 攻读学位期间所发表的学术论文目录
致谢
本文编号：4035750
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