基于AVX指令集BWT算法在DNA序列比对中应用

发布时间：2018-03-18 04:26

  本文选题：序列比对　切入点：AVX指令集　出处：《东北农业大学学报》2016年11期 　论文类型：期刊论文

【摘要】：新一代高通量测序技术发展产生大规模DNA序列片段,快速准确地将短序列比对到参考基因组成为生物信息学重要研究课题之一。针对BWT索引技术序列比对算法研究,提出基于Intel微架构AVX指令集优化BWT算法,通过改进计算方式实现算法并优化。结果表明,应用AVX指令集可减少CPU访存次数,降低算法时间复杂度,提高序列比对效率,为基因数据分析提供更高效快速序列比对方法,加快对全基因组序列处理。
[Abstract]:The new generation of high-throughput sequencing technology produces large scale DNA sequence fragments. It has become one of the important research topics of bioinformatics to quickly and accurately align short sequences to reference genomes. An optimized BWT algorithm based on Intel microarchitecture AVX instruction set is proposed. The algorithm is realized and optimized by improving the calculation method. The results show that the application of AVX instruction set can reduce the number of CPU memory access, reduce the time complexity of the algorithm, and improve the efficiency of sequence alignment. To provide a more efficient and rapid sequence alignment method for gene data analysis, and to speed up the processing of the whole genome sequence.
【作者单位】： 东北农业大学电气与信息学院;武汉理工大学计算机科学与技术学院;
【基金】：国家“863计划”项目(2013AA10230304)
【分类号】：Q811.4;TP311.13

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本文编号：1627999