乳腺癌差异表达基因的筛选及其功能机制的研究

发布时间：2022-02-11 22:26

　　目的:为了探索乳腺癌发生和发展的分子机制,本研究利用GEO数据库中的芯片数据,挖掘乳腺癌组织与正常乳腺组织中的差异表达基因,并研究其功能和机制,为乳腺癌的早期筛查、诊断及临床治疗提供理论依据。方法:从GEO数据库中,下载3组GPL570平台的乳腺癌基因芯片数据,利用R软件筛选正常乳腺组织与乳腺癌组织差异表达基因,差异表达限定为差异倍数大于1倍且P值<0.05。对挑选出来的差异表达基因进行GO富集分析、Pathway分析、KEGG通路分析、STRING蛋白互作分析、在Kaplan-Meier Plotter（http://kmplot.com/analysis/）在线分析,挑选对乳腺癌生存预后起到明显作用的基因,通过UALCAN（http://ualcan.path.uab.edu/）在线分析目的基因在TCGA数据库中的乳腺癌和正常组织中的表达情况。q RT-PCR检测目的基因在组织标本中的表达水平,进一步通过质粒转染构建过表达目的基因的人乳腺癌细胞系MDA-MB-231和MCF-7,进行细胞增殖实验、凋亡实验、迁移侵袭实验等功能实验,研究其相关机制,并建立动物模型体内实验。结果:... 

【文章来源】：华中科技大学湖北省211工程院校985工程院校教育部直属院校

【文章页数】：83 页

【学位级别】：博士

【部分图文】：

差异表达基因的火山图和热图

华 中 科 技 大 学 博 士 学 位 论 文GO:0016627 oxidoreductase activity, acting on the CH-CHgroup of donors0.043632454 10GO:0016684 oxidoreductase activity, acting on peroxide asacceptor0.043632454 9GO:0016860 intramolecular oxidoreductase activity 0.043632454 9GO:0045236 CXCR chemokine receptor binding 0.047101095 5GO:0048029 monosaccharide binding 0.047101095 11GO:0052689 carboxylic ester hydrolase activity 0.047101095 18GO:0019838 growth factor binding 0.047210117 17

图 3.差异基因 KEGG 通路富集的条形图和气泡图（A）KEGG 通路所对应的 P 值和基因数的条形图；（B）KEGG 通路所对应的 P 值和基因数的气泡图。1.2.4 差异表达基因的 PPI 分析基于 STRING 数据库，做出差异基因的蛋白互作网络分析见图 4A。其中相互作用节点数目排名的前 10 个基因见图 4B。


本文编号：3621047