急性淋巴细胞白血病数据可视化应用及其临床注释知识库的构建

发布时间：2023-03-12 04:58

　　急性淋巴细胞白血病(acute lymphoblastic leukemia,ALL)是常见血液恶性疾病中的一种,其主要由造血干/祖细胞相关基因异常积累导致,而且在儿童中更为常见。在细胞遗传学和分子水平上,ALL具有很强的遗传异质性,包括染色体缺失、易位、倒位和基因位点突变等多种异常。由于ALL的这种遗传异质性,使得为患者选择有效的治疗方案相当困难。随着基因组学技术的进步,ALL相关研究得以大量展开,为ALL的精准医疗提供了可能。本研究主要以公开的ALL数据为基础,同时结合公共数据库和文献资料的文本挖掘信息,利用现代化网络技术构建了两个不同类型的ALL知识库。其中之一主要用于探索挖掘ALL转录组数据并实现数据的可视化展示。该知识库在对172例急性B淋巴细胞白血病患者的转录组数据和生存数据分析的基础上,实现了自定义实时分析绘制表达谱热图、差异基因表达对比图、融合基因Circos图和基因突变热图等功能。通过简单的交互操作即可实现ALL数据的综合分析,有效的缩短了终端研究人员与ALL大数据间的距离,有助于释放当前庞大的数据资源的价值。另一个则聚焦于ALL基因突变与融合研究信息和临床注释信息的...

【文章页数】：52 页

【学位级别】：硕士

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摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1 急性淋巴细胞白血病
        1.1 造血干细胞的分化与白血病的产生
        1.2 急性淋巴细胞白血病分型
        1.3 急性淋巴细胞白血病与基因组异常
    2 高通量测序技术与RNA测序应用
    3 生物信息知识库
    4 Web开发与工具介绍
        4.1 Web简介
        4.2 HTML简介
        4.3 CSS简介
        4.4 JavaScript简介
        4.5 PHP简介
        4.6 Python简介
        4.7 R简介
        4.8 数据库管理系统与MySQL简介
        4.9 Web服务器与Nginx软件简介
第二章 B-ALL数据可视化应用知识库的构建
    1 引言
    2 材料与方法
        2.1 数据来源
        2.2 差异基因分析
        2.3 基因基本信息抓取
        2.4 数据库设计
        2.5 Web实现
    3 B-ALL可视化知识库功能模块
        3.1 融合基因展示模块
        3.2 基因信息与表达量模块
        3.3 分组样本差异基因分析模块
        3.4 突变展示及自定义分组差异分析模块
第三章 ALL基因突变与融合临床注释知识库的构建
    1 引言
    2 材料与方法
        2.1 拟定突变基因及融合基因列表
        2.2 确定条目注释内容
        2.3 注释信息收集
        2.4 数据库设计
        2.5 Web实现
    3 知识库数据内容及Web功能模块
        3.1 知识库数据内容
        3.2 用户验证模块
        3.3 用户管理模块
        3.4 数据信息管理模块
        3.5 数据查询模块
第四章 讨论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间已发表或录用的论文



本文编号：3760992