胡萝卜软腐果胶杆菌代谢网络构建及杀菌剂靶标初筛

发布时间：2016-11-19 10:25

  本文关键词：核黄素及核黄素结合蛋白对拟南芥抗病抗逆调控作用的初步研究，由笔耕文化传播整理发布。

《华中农业大学》 2013年

胡萝卜软腐果胶杆菌代谢网络构建及杀菌剂靶标初筛

王成  

【摘要】：胡萝卜软腐果胶杆菌是一种强致病性革兰氏阴性植物致病菌,通过分泌果胶酶、纤维素酶、蛋白酶等酶系降解植物的维管束细胞,导致植物罹患软腐病。胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种PC1菌株(Pectobacterium carotovorum PC1, Pct)的宿主范围分布广泛,造成了该菌种难以根治的局面,每年都带来巨大的农业经济损失。由于缺少专一性的杀菌剂,目前针对植物软腐病仍主要采用预防为主的手段。全基因组代谢网络集合了多种类型的数据,可以将基因型和表型结合起来,从组学的角度探究胡萝卜软腐果胶杆菌的代谢形式,挖掘有用的杀菌剂靶标。本文从模式物种大肠杆菌的最新版代谢网络iJO1366出发,采用同源基因映射的方法,获得目的菌种的代谢网络草图。之后结合基因组信息、KAAS细菌基因组重注释信息、理化实验数据以及文献信息,成功构建了胡萝卜软腐果胶杆菌胡萝卜亚种PC1菌株的全基因组代谢网络模型,并命名为iPC1209。该模型共含有2235个代谢反应,以及1113种化合物。对模型的1209个基因和2235个代谢反应按照功能进行分类后显示,本文所构建的代谢网络模型iPC1209基本上涵盖了细胞所必需的代谢反应。我们还通过细胞表型芯片实验对模型的C、N、P、S源的代谢情况进行验证,在184个营养物质中有149个化合物的计算机模拟情况与实验结果相符,显示该模型的准确性为81%,具有一定的应用价值。此外,我们还对胡萝卜软腐果胶杆菌与大肠杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、肺炎克雷伯氏菌的细胞表型进行比较,揭示了四种不同肠杆菌属细菌的异同,并在模型iPC1209中整合了细菌毒力因子的代谢信息。我们通过对模型进行必需基因的模拟筛选,采用一系列的筛选条件,从152个必需基因出发筛选得到了19个潜在的杀菌剂靶标。最后,我们对模型进行了合成致死基因对分析,为后续研发多靶标药物提供了先手资料。

【关键词】：
【学位授予单位】：华中农业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2013
【分类号】：S436.31
【目录】：

下载全文 更多同类文献

CAJ全文下载

(如何获取全文？ 欢迎：购买知网充值卡、在线充值、在线咨询)

CAJViewer阅读器支持CAJ、PDF文件格式

【共引文献】

中国期刊全文数据库 前4条

1 Vladislav V.Khrustalev;Eugene V.Barkovsky;;Study of Completed Archaeal Genomes and Proteomes:Hypothesis of Strong Mutational AT Pressure Existed in Their Common Predecessor[J];Genomics Proteomics & Bioinformatics;2010年01期

2 耿昭辉;郝彤;马红武;;外部代谢物模拟在代谢工程中的应用指导[J];化学工业与工程;2013年06期

3 刘嵘明;梁丽亚;吴明科;姜岷;;微生物发酵生产丁二酸研究进展[J];生物工程学报;2013年10期

4 ;Development of pyrF-based gene knockout systems for genome-wide manipulation of the archaea Haloferax mediterranei and Haloarcula hispanica[J];遗传学报;2011年06期

中国博士学位论文全文数据库 前3条

1 李兴江;秸秆五、六碳糖共发酵产琥珀酸的菌株分离、选育及代谢研究[D];合肥工业大学;2009年

2 邓本良;核黄素及核黄素结合蛋白对拟南芥抗病抗逆调控作用的初步研究[D];南京农业大学;2012年

3 李鹏;副猪嗜血杆菌分子流行病学及其OMP-P2基因抗原性与检测技术研究[D];南京农业大学;2011年

中国硕士学位论文全文数据库 前6条

1 张凤云;青花菜软腐病病程的cDNA-AFLP差异表达分析[D];福建农林大学;2013年

2 许建华;MD-2模拟肽在RAW264.7细胞膜上相互作用蛋白的钓取及筛选鉴定[D];第三军医大学;2013年

3 靳欣欣;肝素连接苯丙氨酸血液净化材料去除内毒素的研究[D];重庆大学;2013年

4 韩雅宁;合成不同结构类脂A分子的大肠杆菌的构建[D];江南大学;2013年

5 刘婷;树干毕赤酵母基因组规模代谢网络模型构建及应用[D];江南大学;2013年

6 胡晓攀;细菌蛋白质组成的氨基酸代谢流量分析[D];华中农业大学;2013年

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 宋东明,明其敏,王金渠;5-氯-2-甲基异噻唑酮-3合成研究[J];精细石油化工;1995年04期

2 李健强;张桂火;;大麦种子寄藏真菌检验及杀菌剂消毒处理效果(简报)[J];北京农业大学学报;1995年04期

3 王伯华;王正中;邵尚琪;;植物病害使用杀菌剂的技术与效应[J];江苏农药;1995年03期

4 原根明,常新锁;杀菌剂双C_(8～10)烷基二甲基氯化铵的合成[J];山西化工;1997年01期

5 黄根深,刘爱勤,张翠玲;香草兰白绢病的初步研究[J];热带作物学报;1999年04期

6 刘燕黔,袁洁,杨学辉;新杀菌剂5%广枯灵水剂对稻瘟病菌的室内毒力测定[J];云南农业大学学报;2000年03期

7 ;美EPA中止使用杀菌剂苯菌灵[J];农药市场信息;2002年22期

8 王春萍;张艳云;胡伟建;;植物杀虫、杀菌剂在保护地中的应用[J];农村科学实验;2002年03期

9 蒋家珍,吴学名,赵美琦,王维波,肖杰,王成菊;19种杀菌剂对镰刀菌的毒力测定及应用分析[J];广东农业科学;2004年02期

10 李晓军,阴启忠,徐颖,曲健禄,张勇;各种药剂防治枣果浆烂病对比试验[J];河北果树;2004年04期

中国重要会议论文全文数据库 前10条

1 朱茂山;关天舒;吕振环;;十三种杀菌剂对百合枯萎病菌的室内毒力测定[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年

2 关天舒;赵奎华;刘长远;梁春浩;王辉;李柏宏;;不同杀菌剂对辣椒疫病菌室内抑菌活性测定[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年

3 周伟生;张磊;于瑞香;;工业水处理中常用杀菌剂综述[A];中国精细化工协会第二届水处理化学品行业年会论文集[C];2006年

4 陈磊;朱书生;李健强;刘西莉;;黄瓜疫霉菌对三种羧酸酰胺类杀菌剂的敏感基线的建立及抗药性分子机制初探[A];中国植物病理学会2010年学术年会论文集[C];2010年

5 李宇;;对影响杀菌剂杀菌效果因素的探索[A];首届中国兽药大会——兽医生物制品学、兽医微生物学学术论坛论文集（2008）[C];2008年

6 李宇;;对影响杀菌剂杀菌效果因素的探索[A];首届中国兽药大会动物药品学暨中国畜牧兽医学会动物药品学分会2008学术年会论文集[C];2008年

7 王树林;杜海英;;几种杀菌剂对棉花黄萎病及其产量的影响[A];中国棉花学会2009年年会论文汇编[C];2009年

8 宋玉立;杨共强;何文兰;;3种杀菌剂对小麦白粉病的防治效果[A];河南省植保学会第八次、河南省昆虫学会第七次、河南省植病学会第二次会员代表大会暨学术讨论会论文集[C];2005年

9 陈云平;;不同杀菌剂防治芦笋茎枯病的田间药效试验[A];华东地区农学会学术年会暨福建省科协第七届学术年会农业分会场论文集[C];2007年

10 耿贵工;;薯菌清等药剂对马铃薯晚疫病菌的室内毒力测定[A];科技创新与绿色植保——中国植物保护学会2006学术年会论文集[C];2006年

中国重要报纸全文数据库 前10条

1 饶兴鹤;[N];中国化工报;2011年

2 沧县农业局 张明军;[N];河北科技报;2011年

3 特约记者 张为农;[N];农资导报;2008年

4 隆化县农广校 马占稳;[N];承德日报;2010年

5 柏爱春　顾正山;[N];中国工商报;2011年

6 本报记者 王雅萍;[N];河南科技报;2009年

7 黄珊;[N];中国化工报;2008年

8 郑重;[N];中华合作时报;2001年

9 王小波;[N];湖南科技报;2009年

10 ;[N];农资导报;2011年

中国博士学位论文全文数据库 前10条

1 许学明;烟草黑胫病菌对六种杀菌剂的抗性测定及抗甲霜灵机制的初步研究[D];山东农业大学;2007年

2 王龙根;氰基丙烯酸衍生物的合成与生物活性研究[D];南京工业大学;2004年

3 周伟生;反渗透膜用药剂的制备及其性能研究[D];天津工业大学;2007年

4 黄大野;基于微管蛋白靶标的几种蔬菜主要病原真菌耐药性与抗药性机理的研究[D];沈阳农业大学;2012年

5 陈怀谷;小麦全蚀病菌的遗传组成和病害的防治技术研究[D];南京农业大学;2012年

6 吐松;钯催化合成2-羰基取代茚衍生物及其在合成新型杀菌剂中的应用[D];大连理工大学;2006年

7 张乐;噻二唑类杀菌剂对大鼠甲状腺干扰作用研究[D];浙江大学;2009年

8 赵培亮;新型Strobilurins衍生物的设计、合成及生物活性研究[D];华中师范大学;2008年

9 曹秀芳;γ-芳基取代手性三唑类杀菌剂的合成、表征及生物活性研究[D];华中师范大学;2009年

10 刘祖明;新型甲氧基丙烯酸酯类衍生物的合成及杀菌活性研究[D];华中师范大学;2008年

中国硕士学位论文全文数据库 前10条

1 王成;胡萝卜软腐果胶杆菌代谢网络构建及杀菌剂靶标初筛[D];华中农业大学;2013年

2 毕秋艳;二元杀菌剂复配增效机理初探[D];河北农业大学;2010年

3 肖捷;含氟酰胺类农用杀菌剂的合成研究[D];天津大学;2012年

4 陆翠军;高效安全杀菌剂肟菌酯的合成[D];浙江工业大学;2011年

5 彭好翌;常用杀菌剂及其组合剂对辣椒两种炭疽病菌的离体抑制效果研究[D];湖南农业大学;2010年

6 张陆伟;三种杀菌剂对日本青鳉（Oryzias Latipes）的生态毒性初步研究[D];新疆农业大学;2013年

7 刘庆顺;甲基立枯磷及其复配制剂防治土传病害应用技术研究[D];山东农业大学;2004年

8 廖启丰;新型亚烷基双季鏻盐杀菌剂的合成及应用研究[D];广东工业大学;2012年

9 鲍静;四种杀菌剂对苹果连作土壤及幼树生长的影响[D];山东农业大学;2012年

10 薛超;新型代森类杀菌剂丙森锌的合成及其制剂研究[D];西北农林科技大学;2005年

  本文关键词：核黄素及核黄素结合蛋白对拟南芥抗病抗逆调控作用的初步研究，由笔耕文化传播整理发布。

，

本文编号：182419