四倍体野生种花生A.monticola全基因组SSR的开发与特征分析

发布时间：2021-02-17 11:04

　　【目的】通过对四倍体野生种花生Arachis monticola（AABB,2n=4x=40）全基因组SSR位点搜索,研究其全基因组SSR分布特征及规律,开发并验证其全基因组SSR引物,为花生属植物遗传进化分析及重要性状分子标记开发提供依据。【方法】在华大基因GigaScience数据库下载A.monticola全基因组序列,并利用生物信息学软件MISA进行SSR位点搜索,Primer 3进行引物设计,通过电子PCR进行单位点SSR分析,并随机合成100对SSR引物验证通用性。【结果】SSR在四倍体野生种花生A.monticola基因组上共搜索到SSR位点676 878个,平均每3.8 kb就会出现一个SSR,分布于5 127条scaffold中,单核苷酸至六核苷酸均有分布,且数量上差异较大,以单碱基、二碱基、三碱基为主,三者占SSR总数的94.28%,其中单碱基重复数量最多,占46.71%,密度最高;六核苷酸重复数目最少,分布最稀疏。大多数SSR分布在基因间区,基因区SSR多分布于内含子区域;全基因组共鉴定出395个不同的重复基元,其中A亚基因组342种,B亚基因组356种;A/T是... 

【文章来源】：中国农业科学. 2019,52(15)北大核心

【文章页数】：19 页

【文章目录】：
0 引言
1 材料与方法
    1.1 植物材料
    1.2 基因组序列
    1.3 基因组序列中SSR的搜索
    1.4 A.monticola全基因组SSR引物设计
    1.5 电子PCR进行单位点SSR标记分析
    1.6 SSR引物通用性验证
2 结果
    2.1 A.monticola全基因组SSR位点数量和分布
    2.2 A.monticola全基因组SSR基序类型和结构
    2.3 A.monticola全基因组SSR碱基组成
    2.4 A.monticola全基因组SSR基序重复次数分布
    2.5 A.monticola全基因组SSR在各染色体的分布
    2.6 A.monticola全基因组SSR引物开发，及单点SSR分析
    2.7 SSR引物的验证及通用性分析
3 讨论
    3.1 A.monticola全基因组SSR分布特征
    3.2 A.monticola与A.duranensis、A.ipaensis基因组SSR分布比较
    3.3 A.monticola基因组SSR标记的应用
4 结论


【参考文献】：
期刊论文
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[2]42个花生品种的SSR标记指纹图谱构建[J]. 尹亮,李双铃,任艳,石延茂,袁美.  花生学报. 2017(01)
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[10]ICRISAT花生微核心种质资源SSR标记遗传多样性分析[J]. 任小平,张晓杰,廖伯寿,雷永,黄家权,陈玉宁,姜慧芳.  中国农业科学. 2010(14)

硕士论文
[1]玉米全基因组SSRs分子标记开发与特征分析[D]. 原志敏.四川农业大学 2013
[2]栽培花生产量和品质相关性状遗传分析与QTL定位研究[D]. 刘华.河南农业大学 2011



本文编号：3037891