丹参活性成分靶点分子网络的生物信息学预测

发布时间：2021-04-17 07:10

　　目的:采用整合生物信息学方法预测丹参治疗心血管疾病的潜在机制。方法:从PubChem数据库中搜索丹参靶标蛋白,从NCBI数据库中搜索心血管疾病相关基因,利用IPA比较、分析搜索结果,预测丹参治疗心血管疾病的交互作用分子网络。结果:丹参治疗心血管疾病的靶标蛋白主要有FASN、 PAFAH1B2、PLA2G7、PAFAH1B3和IL-1β,这些蛋白主要涉及LXR/RXR活化、动脉粥样硬化、肝纤维化/肝星形细胞活化、急性反应期信号、FXR/RXR活化等信号传导通路;交互作用分子网络主要涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育,参与DNA的复制、重组和修复等。结论:预测了丹参治疗心血管疾病的几个蛋白质靶点以及参与的信号途径;整合生物信息学方法可以用于分析小分子化学成分的作用机制。 

【文章来源】：郑州大学学报(医学版). 2019,54(06)北大核心

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

生物信息学分析流程图

个节点成为心血管疾病中丹参作用的直接靶点，包括FASN、PAFAH1B2、PLA2G7、PAFAH1B3和IL-1β(图5)。图2心血管疾病相关基因(左)及丹参靶标蛋白(右)涉及的信号通路图3心血管疾病和丹参靶标蛋白共同涉及的信号通路左:网络主要涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育、DNA的复制重组和修复等;右:网络主要涉及脂代谢、小分子生物化学、血液系统发育等图4两个心血管疾病和丹参靶标蛋白共享的分子网络图5LXＲ/ＲXＲ活化(左)和动脉粥样硬化(右)信号传导通路的示意图(深灰代表丹参靶点)3讨论我们利用开放的与心血管疾病基因数据库和已知或预测丹参作用的蛋白质或蛋白质片段数据库，通过整合生物信息学分析方法，确定了一些与心血管疾病有关并受丹参调控的信号传导通路和网络，并且预测出与心血管疾病相关的几个丹参作用的特异蛋白质靶点，这为更详细的机制研究提供了参考。我们的网络分析结果提示，丹参治疗心血管疾病的机制可能涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育，DNA的复制、重组和修复等。研究结果与体内外若干研究的一致性提示丹参活性成分发挥心·008·郑州大学学报(医学版)2019年11月第54卷第6期

个节点成为心血管疾病中丹参作用的直接靶点，包括FASN、PAFAH1B2、PLA2G7、PAFAH1B3和IL-1β(图5)。图2心血管疾病相关基因(左)及丹参靶标蛋白(右)涉及的信号通路图3心血管疾病和丹参靶标蛋白共同涉及的信号通路左:网络主要涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育、DNA的复制重组和修复等;右:网络主要涉及脂代谢、小分子生物化学、血液系统发育等图4两个心血管疾病和丹参靶标蛋白共享的分子网络图5LXＲ/ＲXＲ活化(左)和动脉粥样硬化(右)信号传导通路的示意图(深灰代表丹参靶点)3讨论我们利用开放的与心血管疾病基因数据库和已知或预测丹参作用的蛋白质或蛋白质片段数据库，通过整合生物信息学分析方法，确定了一些与心血管疾病有关并受丹参调控的信号传导通路和网络，并且预测出与心血管疾病相关的几个丹参作用的特异蛋白质靶点，这为更详细的机制研究提供了参考。我们的网络分析结果提示，丹参治疗心血管疾病的机制可能涉及细胞运动、免疫细胞运输、血液系统发育，DNA的复制、重组和修复等。研究结果与体内外若干研究的一致性提示丹参活性成分发挥心·008·郑州大学学报(医学版)2019年11月第54卷第6期


本文编号：3143027