多尺度模拟自由能计算的理论研究
【学位单位】:华东师范大学
【学位级别】:博士
【学位年份】:2019
【中图分类】:O413.1
【部分图文】:
图 1.1: 参考势能面法 (reference-potential)避免在昂贵的目标势能面下采样。所以, low high的计算是该方法的关键问题。 low high最理想的方法是 TP,完全避免了在目标势能面的采样,然而,当参考势和目标势能面之间没有足够的相空间重叠时,TP 计算的结果就不再可靠。TI,BAMBAR 都不能避免在目标势能面下采样。所以,探索参考势能面法中 low high的方式是目前的重点问题。1997 年,Jarzynski[31] 指出 TP 和 TI 方法是非平衡模拟的两个特例,即 TP 方法瞬间完成 A B 哈密顿的转变。而 TI 方法则对应哈密顿转度趋近于 0 的情况。同时 Jarzynski 也指出,平衡态间的自由能差,可以用非平衡的功计算。已有很多研究采用这一理论,用非平衡功计算平衡态的自由能差,且结果衡态 FEP 结果没有差别。NE 方法也可用于参考势能面法中 low high的计算。参考势能面法的另外一个难点,就是对 low high计算结果的可靠性判断,这非常重要的意义,然而目前并没有十分有效的方法。常用有 Kish 的有效采样尺度个哈密顿下势能差的最大权重,以及其分布的均方差。但这些物理量并不能给出统
图 3.1: host 和 guest 分子结构3.2方法3.2.1参考势能面法:QM/MM-NE策略本章在PM6-DH+水平(需要指出,本章中QM/MM实际为SQM/MM)计算了SAMPL4中 host-guest 体系的相对结合自由能,共涉及以下 8 个过程:MeBz Bz, EtBz MeBz,pClBz Bz, mClBz Bz, Hx Bz, MeHx Hx, Hx Pen 和 Hep Hx。host 和 guest的结构如图 4.2所示。采用参考势能面法计算上述 8 个过程 QM/MM 水平的相对结合自由能, 如图 3.2所示,在 MM 势能面通过一系列的中间态逐渐完成 guest 分子的转变 (L0L1)。MM 势能面的自由能差 ( MML0L1,s,s 表示在结合态 bound 或非结合态 unbound) 用 MBAR 计算。然后,分别在 L0和 L1端做 QM 修正 ( MM QM MMLi,s),计算 MM 和 QM/MM 哈密顿间的自由能差。结合这三部分计算的自由能差即可得 L0L1在 QM 水平的自由能
3.2 方法 第三章 Host-guest 体系相对结合自由能的高效计算图 3.2: 参考势能面法示意图3.2.2非平衡模拟本章采用 QM/MM-NE 的方法,MM QM/MM 的转变通过费平衡模拟实现。根据Jarzynski 的理论,两个平衡态间的自由能差可以通过非平衡功得到。exp exp (3.4)其中 < > 为对trj个非平衡轨迹取平均, , R 是气体常数,T 是热力学温度。非平衡功 W:r r (3.5)其中 和 分别是 和 时对体系所做的功, 是在保持坐标r不变, 变为 所需的功, 体系的势能 由坐标和 有关. 所以,公式. 3.4中的 W 可以表示为:τ δt∑tr r (3.6)若不做特别说明
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本文编号:2839693
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