融合粒子群优化和遗传算法的基因调控网络构建

发布时间：2017-10-11 07:10

  本文关键词：融合粒子群优化和遗传算法的基因调控网络构建

  更多相关文章： 基因调控网络 粒子群优化 遗传算法 粗糙集 特征选择

【摘要】：MicroRNA(miRNA)是一类大小为21~25 nt的内源性非编码小核糖核酸(RNA),通过与mRNA的3’-UTR互补结合,导致mRNA降解或翻译抑制来调控编码基因的表达。为了提高构建基因调控网络的准确度,提出一种基于粗糙集、融合粒子群(PSO)和遗传算法(GA)的基因调控网络构建方法(PSO-GA-RS)。该方法首先通过对序列信息进行特征提取;然后采用粗糙集的依赖度作为适应度函数,融合粒子群和遗传算法选出较优的特征子集;最后使用支持向量机(SVM)建立模型,预测未知的调控关系。在拟南芥数据集上进行实验,相比基于粗糙集和粒子群优化的特征选择方法和Rosetta算法,所提方法的预测准确率、F值和受试者工作特征(ROC)曲线面积最多能提高5%,在水稻数据集上最多能提高8%。实验结果表明所提方法能够比较准确地预测miRNA和靶基因之间的调控关系。
【作者单位】： 大连理工大学计算机科学与技术学院;
【关键词】： 基因调控网络 粒子群优化 遗传算法 粗糙集 特征选择
【基金】：国家自然科学基金资助项目(61472061)~~
【分类号】：Q811.4;TP18
【正文快照】： 0引言MicroRNA(miRNA)是一类非常重要的非编码核糖核酸(Ribo Nucleic Acid,RNA)分子,通过诱导靶基因降解,从而广泛地参与到基因的转录后调控,或者通过抑制基因的转录,对基因在转录水平上进行调控[1]。miRNA通过与靶mRNA(messenger RNA)匹配结合实现对生物学功能的调控,因此,研

【相似文献】

中国期刊全文数据库 前10条

1 张家军;蔡传政;王翼飞;;基因调控网络中的延滞动力学[J];应用科学学报;2007年01期

2 郭子龙;纪兆华;涂华伟;梁艳春;;基因调控网络的研究内容及其数据分析方法[J];电脑知识与技术;2008年15期

3 陈少白;罗嘉;;一类基因调控网络的定性分析[J];南京信息工程大学学报(自然科学版);2010年05期

4 李庆伟;全俊龙;刘欣;;基因调控网络研究进展[J];辽宁师范大学学报(自然科学版);2013年01期

5 叶纬明;吕彬彬;赵琛;狄增如;;少节点基因调控网络的控制[J];物理学报;2013年01期

6 王沛;吕金虎;;基因调控网络的控制:机遇与挑战[J];自动化学报;2013年12期

7 易东,李辉智;基因调控网络研究与数学模型的建立[J];中国现代医学杂志;2003年24期

8 雷耀山,史定华,王翼飞;基因调控网络的生物信息学研究[J];自然杂志;2004年01期

9 姜伟;李霞;郭政;李传星;王丽虹;饶绍奇;;时间延迟基因调控网络重构的决策树方法研究[J];中国科学(C辑:生命科学);2005年06期

10 张晗,宋满根,陈国强,骆建华;一种改进的多元回归估计基因调控网络的方法[J];上海交通大学学报;2005年02期

中国重要会议论文全文数据库 前3条

1 熊江辉;李莹辉;;基因芯片数据分析的新方法与基因调控网络推理[A];全面建设小康社会：中国科技工作者的历史责任——中国科协2003年学术年会论文集（上）[C];2003年

2 王亚丽;周彤;;大规模基因调控网络因果关系的辨识[A];第二十九届中国控制会议论文集[C];2010年

3 冯晶;许勇;李娟娟;;非高斯噪声激励下基因调控网络的研究[A];第十四届全国非线性振动暨第十一届全国非线性动力学和运动稳定性学术会议摘要集与会议议程[C];2013年

中国重要报纸全文数据库 前1条

1 吴佳s，

本文编号：1011152